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潜伏期从尾蚴侵入至尿中出现虫卵为10～12周。
1.急性期 在本病流行区，患者大多为重复感染，故急性期症状少见。仅少数患者有发热、头痛、乏力等全身症状。荨麻疹常见。并有腹痛与肝、脾肿大。血象中嗜酸性粒细胞显著增多。临床表现与急性日本血吸虫病相似，但较轻。
2.慢性期 早期症状为无痛性终末血尿，可持续数月或数年，而无其他症状，但以后逐渐出现尿频、尿痛等慢性膀胱炎症状，继而导致排尿困难、泌尿道阻塞、肾盂积水、逆行性细菌感染，最后引起肾衰竭。
膀胱镜检查可见膀胱壁上由大量虫卵肉芽肿形成的沙斑(sandy patches)，黏膜增生性炎症与乳突状生长，以及由尿酸、草酸与磷酸盐组成的结石。在埃及，83.1%膀胱癌患者有埃及血吸虫病变，故埃及血吸虫病可能诱发癌变。该类患者年龄较轻，在40岁左右，大多为完全分化的鳞状细胞癌;转移较少见，而且出现较迟。
(1)肝肠症状：远较日本血吸虫病少而轻，出现较迟。主要是结肠与肝门脉周围由虫卵肉芽肿引起，从腹泻与痢疾患者粪便中排出虫卵。肝脾肿与肝纤维化等症状一般较轻。
(2)肺部症状：较为少见。患者诉乏力、头昏、头痛、心悸、心前区隐痛。约1/3患者劳累后发生晕厥。胸部X线检查可见肺动脉显著扩张。心电图可见P波高耸与右心室肥大。在晚期可并发右心衰竭，因本病为阻塞性肺心病，无心肌损伤，故发生较迟。根据埃及报告，临床上仅0.8%～1%患者引起肺心病。血吸虫性肺心病仅占心脏病患者总数的4%。
(3)生殖系统症状：男性患者前列腺可因虫卵沉积发生炎症，质变硬。有时从精液中可发现大量虫卵。虫卵经肠系膜静脉吻合支抵达精索静脉，可引起精索与附睾病变。由于鞘膜纤维化使阴囊淋巴管阻塞，回流不畅，可引起阴茎龟头像皮肿。女性患者生殖系统症状较不明显，可有宫颈、阴道与阴唇病变。输卵管与子宫炎较少见。
在本病流行区有无痛性终末血尿患者应怀疑为埃及血吸虫病。诊断依赖从尿中发现有尾刺的虫卵。取最后几滴血尿离心沉淀后直接涂片检查可发现虫卵。尿沉渣孵化，于10min至2h，即可见毛蚴。从膀胱镜直接取材做活组织检查，用压片法可查见大量虫卵。从尿中排出的大多是活卵，但也有为钙化虫卵。直肠黏膜活组织检查有时也可发现虫卵。免疫学试验由于应用的抗原为属特异性与曼氏血吸虫病有交叉反应，两者不能鉴别，但对急性期有早期诊断价值。