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基质性角膜炎是位于层内的炎症，该炎症是由于多种外部的病菌，病原体引起的，可以引发眼部的基质性的角膜炎，属非溃疡性的深层角膜炎。指角膜基质内的弥漫性炎症浸润，不引起溃疡性组织缺损的病变，为角膜的抗原抗体反应。主要有结核性角膜基质炎、梅毒性角膜性基质炎、麻风性角膜基质炎等。 大多数为先天性梅毒，其次为结核、风湿等感染引起，病原微生物可通过上皮或角膜缘血管直接侵犯角膜;但更多的是抗原-抗体反应结果。除根据特征性的眼部诊断，还可从其他一些先天性梅毒的体征如马鞍鼻，基质性角膜炎检查Hutchinson 氏齿及血清康华氏反应阳性得到证实。
哈氏齿(Hutchinson氏牙齿)又叫郝秦生齿、半月形门齿。其特点即恒齿的两个中切牙游离缘狭小，由于牙釉质发育不全切缘中央呈半月形缺陷，短小而尖，前后径增大，齿角钝园，齿列不整。第一臼齿形体较小，齿尖集中于咬合面中部，形如桑椹，称为桑椹齿。哈氏齿(Hutchinson氏牙齿)与间质性角膜炎、马刀胫和马鞍鼻是发生于2岁以上幼儿的晚发性先天性梅毒的特殊体征。
梅毒性角膜性基质炎： 先天性梅毒引起者，发病年龄多为5～20岁的青少年。两眼同时或先后发病。基质性角膜炎诊断，并伴有耳聋、上门牙下缘缺损、鞍鼻等特征，后二者和角膜改变构成;血清康华氏反应阳性。后天梅毒引起者少见。眼部病变一开始，即有明显的刺激症状。从角膜周边部开始发生浸润，逐渐向中央区扩展，最后在角膜中心区会合。角膜基质因浸润、水肿、呈灰白色雾状混浊，失去原有的光泽。睫状充血或混合充血明显。随着角膜病变的发展，可见新生的深层血管呈毛刷状从角膜缘四周侵入角膜基质，逐渐伸向角膜中央，使角膜变成暗红色磨砂玻璃样混浊。一般两周后浸润可扩展到全部角膜，约1个月炎症达高峰;同时布满新生血管。此病总是伴有虹膜睫状体炎。恢复期，睫状充血减轻，炎症渐消退。角膜混浊的吸收，也从周边部开始;炎症消退后角膜光泽恢复正常。最终，在角膜中央区遗留下不同程度的瘢痕，影响视力;如瘢痕致密或变成扁平角膜时，可严重影响视力。角膜新生血管逐渐变细萎缩。
所以说，经过了多年后，该炎症会在眼底留下了一些难以治愈的病症，会严重影响一个人的视力。在角膜深层留下极细的灰白色丝状影子血管，成为本病永存的特殊标志。有的病例因并发虹睫状体炎，可导致继发性青光眼。结核性角膜基质炎：多单眼发病。在角膜基质中、后层发生浸润。初期靠近角膜缘，后渐向角膜中央发展。浸润性混浊多呈结节状或团块状。其数目不定，多局限于一定区域，不像梅毒性的全面蔓延。在炎症浸润的同时，出现新生血管，其分布也呈区域性，由少增多，并在结节状混浊的周围呈丝球状盘绕。病程经过缓慢，可成年累月反复加重，最后大部角膜受累。愈后留下较厚的、浓淡不一的瘢痕，视力可严重受到影响。