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(一)发病原因
其发生的原因目前认为主要是因为新生儿胆红素代谢的肠-肝循环增加有关，由于母乳本身造成，推测主要原因有：
1.母乳中含有孕3α-20β二醇 母乳性黄疸患儿母亲母乳中含有孕3α-20β二醇抑制了肝脏葡萄糖醛酸转移酶的活性。
2.母乳中不饱和脂肪酸含量高 母乳性黄疸患儿母亲母乳中不饱和游离脂肪酸的含量增高，对肝脏葡萄糖醛酸转移酶产生抑制。
3.母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶的活性高 母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶的活性大大高于牛奶及配方奶，使已结合的胆红素再分解，小肠重吸收增加，至肠-肝循环增加。β-葡萄糖醛酸苷酶在其中起主要作用。
(二)发病机制
最近几年研究认为，母乳性黄疸是在多种因素作用下，由胆红素肠-肝循环增加所致，这种学说较为成熟，并得到验证，β-葡萄糖醛酸苷酶(β- GD)在发病机制中起主要作用。
1.新生儿肠道内β-GD丰富 肠道内β-GD主要来源为母乳(新生儿自身也可产生，正常肠道菌群建立后也可产生，但产生较少)，β- GD分解结合胆红素，还原为未结合胆红素，经小肠再吸收进入肠-肝循环，使血清未结合胆红素增多，引起黄疸。
2.肠内β-GD活性高 新生儿小肠中β-GD活性高，为成人的10倍。
3.胆红素排泄少 新生儿摄入不足，肠内蠕动减少或开奶延迟，肠道菌群建立晚，缺乏转化胆红素的菌群，可使结合胆红素排泄减少。
4.胆红素重吸收多 有人发现母乳中有特殊的脂肪酸、胆固醇，促进了未结合胆红素的重吸收。