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本病多见于早产儿，大多数患儿有羊水过多史，隔膜孔大。足以通过食物，可无症状。隔膜孔小或继发炎症引起黏膜水肿使孔狭窄，则可引起梗阻症状。生后不久即出现呕吐，吃奶后即吐，呈喷射性，含乳汁和乳凝块，无胆汁和血液。呕吐常呈间歇性，伴有食欲减退、体重减轻，一般低于标准体重10%～15%，有的甚至低25%～40%以上。进食后哭闹、烦躁，呕吐后缓解。呕吐顽固则可出现脱水、碱中毒、营养不良。体检上腹部膨隆，可有胃形，有胃蠕动波，中下腹平坦。隔膜无孔(完全闭锁)时则较早出现高位梗阻症状。如为两个隔膜，则被隔离的胃下部和十二指肠上部膨胀，充满分泌物，形成一个囊性肿物，在上腹部可触及。
病儿生后即出现进行性喷射性呕吐，吐物为胃内容;或婴幼儿时出现间歇性呕吐，渐消瘦，体重减轻，上腹部胀，可见胃型及蠕动波，但触不到包块者，应怀疑有幽门闭锁或狭窄，应早期行X线检查，对诊断本病有重要意义。同时可以与幽门痉挛、先天性肥厚性幽门狭窄、胃黏膜脱垂、十二指肠闭锁或狭窄等鉴别。
X线腹部立位平片上，仅显示左上腹有一宽阔液平面，腹部其他部位无气体，多支持幽门闭锁的诊断，但要与十二指肠闭锁相鉴别。钡餐胃肠透视可见胃有不同程度扩张，钡剂潴留，钡剂排出迟缓。耐心仔细观察，可发现瓣膜的典型特征：少量钡剂进入幽门或十二指肠球部，幽门管漏斗状狭窄呈细线状，但不延长无弯曲;或有一薄隔膜在距幽门近端1～2cm处与幽门纵轴垂直突入胃窦部;年长儿瓣膜厚在2～4mm，活动度小，使狭窄部远端与幽门近端分离，呈“双球征”。
纤维胃镜检查，可见胃窦部远端有新月状黏膜皱褶，有时中央有小孔，不能进入镜尖，有时可以通过该孔看到幽门。纤维胃镜不但可以诊断本病，同时可以切除隔膜，治疗本病。
诊断主要依靠X线、上消化道钡餐造影、胃镜或手术来确诊。诊断不明，又有顽固呕吐和上腹膨胀者需手术探查确诊。