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眼眶真菌病是由真菌感染导致的，需与成人眼眶蜂窝织炎、眶内脓肿鉴别。感染早期或急性期临床表现相似，X线也显示鼻窦密度增高。后者很少骨破坏，超声显示眶内组织炎性水肿明显，有T型征存在。此点有鉴别意义。CT显示眼外肌和视神经增粗但不被软组织影遮蔽。鼻窦内为液性平面而非实性肿物。
眼眶恶性病变如中线致死性肉芽肿(lethalmidlinegranuloma)为原因不明的颜面中部结构坏死性病变。常侵犯鼻、口咽、鼻窦、眼眶，常累及双眼。影像学检查与真菌感染不易鉴别，需经组织学诊断。鼻窦恶性肿瘤眶内蔓延很少出现急性炎症表现，可伴有眼球突出。眶内侧可触及硬性肿物，有压痛，眼球运动障碍，视力下降等。影像表现鼻窦肿物与眶内沟通，广泛骨破坏。与真菌感染鉴别比较困难。