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本病应与其他棘层松解疾病如Darier病、家族性良性天疱疮和增殖性天疱疮鉴别。除临床症状不同外，三者均无疣状角化不良病中所见的烧瓶状凹陷。此外棘层松解较家族性良性天疱疮和增殖性天疱疮轻，增殖性天疱疮可见到大量嗜酸性粒细胞浸润，直接免疫荧光检查见表皮网状荧光可以鉴别。Darier病的圆体和谷粒形成较疣状角化不良病明显得多。
本病亦应与乳头状汗腺囊腺瘤鉴别，后者表皮尚糜烂，可见大量浆细胞，无角质栓。