多数病人预后满意，经过较短时间的恢复，可以正常进奶，体重增长，生长发育可达正常同龄儿水平。
少数病人可能出现手术吻合口狭窄，术后仍有程度不同的呕吐，体重不增甚至反降，症状持续时间长会出现慢性脱水及电解质紊乱，严重影响生长发育、经保守治疗无效者可再次手术行原吻合口切除重吻合术，实际临床工作中，多次手术、多次吻合的病例并不少见。
肠闭锁病人相对其他消化道手术术后肠功能恢复较慢，完全恢复至少需要1-2月，开始喂养后应采用少量多次的喂养方式，奶后轻拍、床头适当抬高等措施可以有效的减轻呕吐症状，不主张使用胃肠动力药物等其他刺激肠蠕动的药物，手术切除肠管过多造成腹泻及吸收障碍者适当进行胃肠外营养。