目前，对新生儿淋病性脓漏眼的临床治疗一般用3%的硼酸水或1：10000的高锰酸钾溶液反复冲洗眼睛，除去脓性分泌物。眼睛局部频繁滴5000～10000单位/ 毫升的青霉素液、0.3%的氧氟沙星眼液(急性期可30分钟滴1次)，氧氟沙星眼膏或红霉素眼膏涂眼。全身用药以每天每公斤体重10万单青霉素静脉滴注或分4 次肌肉注射，共用药7天。或者用头孢曲松钠0.125克肌肉注射，头孢噻肟钠每公斤体重25毫克静脉注射或肌肉注射，每8～12小时1次，连续7天。
除了对患儿进行及时治疗以外，家属的治疗也很重要，一旦发现新生儿脓漏眼的病例，患儿全家都应接受正规检查和治疗，以消除传染源。