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症状以腹痛为主，以后局限至右下腹。50%以下同时有恶心与呕吐，全部有低热。体征也为右下腹压痛，腹肌紧张和反跳痛征阳性。
腹痛和腹部体征与AIDS病具有的机会致病菌感染的胃肠道表现相似，因此诊断较为困难。
基于对AIDS病人的误诊和误行手术将会给病人带来很大的危险，因此常常为明确诊断而延误治疗。诊断除根据临床症状与体征外，血细胞检查并不能给予有利的依据，B超检查和CT扫描常可给予帮助。恰当地使用腹腔镜，确诊率很高，但只有必须之时才用。