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鞭虫成虫以其细长的前段插入肠粘膜乃至肠粘膜下层，从组织中和血液中摄取营养，加上分泌物的刺激作用，肠壁粘膜组织呈现轻度炎症或点状出血，亦可见到上皮细胞变性，坏死。少数患者由于肠壁炎症、细胞增生、肠壁增厚而形成肉芽肿。有学者用51Cr观察，测得每条鞭虫使宿主每天失血约0.005ml。所以一般患者不产生贫血症状。当重度感染时(即寄生虫数超过800条)由鞭虫引起的慢性失血可导致缺铁性贫血的发生。另外，免疫学的研究表明，人体感染鞭虫后可产生一定免疫力。动物实验结果表明鞭虫的杆状体是功能性抗原的主要来源。