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结肠镜检查时间平均为15分钟，有时因人而异，或大肠有异常情况，检查时间可能稍微久一点。另外肠道准备也需时间。
为了能安全、准确地完成肠镜的检查工作，结肠镜前需完成清洁结肠。如在充满排泄物的肠子里操作结肠镜，容易造成不必要的损伤，或因粪便阻挡肠腔，使内镜医生无法正确用力；也会因排泄物阻挡而必须把它冲洗干净方可继续完成检查，耽误检查时间。肠镜前清洁不够，检查时费时又费力，且不安全。
一般来说，检查前2-3天吃少渣半流质饮食，如稀饭，不吃多纤维的蔬菜、水果，禁吃红色或多籽的食物，如西瓜、西红柿等。检查前1天，吃无渣的流质食物，如米汤，不喝牛奶。检查当天上午检查的禁食早餐，下午检查的早餐流质、午餐禁食。肠镜检查前4-6小时服用泻药，排出无色稀水样便方可完成肠道准备。
肠镜分普通肠镜与无痛肠镜。无痛肠镜检查是在全麻下进行的肠镜检查，在医生帮助下迅速进入睡眠状态，而不感受到结肠镜检查所带来的胀痛感。虽说无痛肠镜能减少痛楚，但检查的过程中也无法对医生的操作给予任何反馈，因此无痛结肠镜操作风险相对普通肠镜检查略高，费用亦相对较高。
检查方式的选择与检查时长同样是因人而异，患者可结合自身耐受情况及基础疾病进行合适的选择。
