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等孢子球虫病是一种自限性疾病,多数患者虫体可自行被清除。本病目前尚无特效治疗。首选的治疗药物为磺胺甲恶唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲恶唑)。亦可用呋喃唑酮。乙胺嘧啶加磺胺嘧啶、伯氨喹加氯喹等均有一定疗效;但甲硝唑、四环素等似乎无效。