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(一)发病原因
肺炎衣原体(TWAR株)(1965年台湾分离株TW-183和1983年华盛顿分离株AR-39)是目前临床上最常引起呼吸道感染的一种衣原体种，目前仅有一种血清型，属严格的人类病原体，不存在动物中间宿主。
(二)发病机制
肺炎衣原体由上呼吸道吸入，侵入鼻咽等黏膜后，首先引起局部组织炎症细胞的浸润性病变，病原体在单核巨噬细胞中繁殖，进而通过血行扩散。病变明显多发于肺等下呼吸道，炎性病变由肺门逐步扩大，表现为小叶性及间质性肺炎，多发于肺下部。伴随肺部的早期炎性反应，呈现多形核白细胞浸润及肺泡的纤维素样渗出，可见肺泡腔充满液体，肺泡壁和肺间质呈明显增厚，可发生水肿、出血及坏死。病变也可累及网状内皮系统，肝脏出现炎症及小灶性坏死，脾有肿大。有时可见胸膜炎、心膜炎及心肌炎等，肾脏、神经与消化系统也可出现病变。在肺巨噬细胞、心肌、心包及肝星形细胞内均可见到嗜碱性包涵体。