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肛管癌治疗必须根据其病理类型、生长部位、侵犯的范围、癌细胞的分化和恶性程度、有无淋巴转移，采取不同治疗方法。其中手术是综合治疗的一部分，且更着重放射治疗和化学治疗的联合应用。以肛管鳞状细胞癌为主论述治疗方法。
1.手术治疗
(1)经腹会阴联合切除术(Miles术)：1974年以前，一般认为肛管癌的首选治疗方式是经腹会阴联合肛管、直肠切除术(Miles术)，并认为手术是惟一最有效的方法。由于肛管癌局部侵袭以及3个方向的淋巴转移，所以手术范围比直肠癌更甚，要求会阴切除应包括肛门周围广泛的皮肤(不少于3cm)、肛门内外括约肌、坐骨直肠窝的脂肪组织、肛提肌以及盆底腹膜下所有淋巴引流区域，女性患者常需切除阴道后壁。由于切除范围广泛，会阴部切口常需开放处理，难以Ⅰ期缝合。扩大的Miles术，包括扩大的腹盆腔淋巴结清扫、预防性腹股沟淋巴结清除、盆腔脏器部分或全部切除术，并未显示提高生存率和降低复发率。反之，增加了手术并发症和死亡率。Beck汇总1960～1988年19组资料1129例经腹会阴联合切除手术治疗资料，术后5年生存率约为50%，手术死亡率为5.9%，局部复发率为28%，远处复发率27%。
近年来放疗、化疗对肛管癌治疗的效果获得肯定，扩大的Miles术不再被作为首选治疗方式，特别是早期肛管癌，手术治疗作为辅助治疗施行。但T3、T4期肛管癌仍应以Miles术为主，术前或术后加以放化疗。
(2)腹股沟淋巴结清除术：肛管癌向下方的淋巴转移第一站到达腹股沟淋巴结，转移率为8.2%～40.5%。初诊时，有1/3～1/2患者有腹股沟淋巴结肿大。肛管癌Miles术后1～2年内相当多患者出现腹股沟淋巴结转移。因此，腹股沟淋巴结清除术被视为肛管癌手术治疗不可缺少的方面。近年认识已趋一致。预防性腹股沟淋巴结清除术并不能提高5年生存率和降低复发率，Miles术后随访中发现腹股沟淋巴结转移时再行腹股沟淋巴结清除术亦可获得满意效果。所以强调肛管癌根治术后定期密切复查和随访，术后1年内每月复查1次，1～2年内每2个月复查1次，若证实有淋巴结转移，应及时作腹股沟淋巴结清除术。
若初诊时临床已发现腹股沟淋巴结肿大，但未肯定癌转移，Miles术前术后抗感染治疗是十分需要的，若抗感染治疗淋巴结消失则不必考虑即时作淋巴结清除，应予密切随诊;若抗感染治疗后淋巴结无缩小，应考虑为淋巴结转移，Miles术开始前作淋巴结活检证实淋巴结转移，也待Miles术后3～6周再行腹股沟淋巴结清除术。这种分期手术可以避免对病者一次性创伤过大，还可以减少因腹股沟切口接近结肠造口而引起腹股沟皮瓣坏死、感染的危险性。
此外，也有根据病人的具体情况，对腹股沟行预防性或姑息性放射治疗。至于腹股沟淋巴结切除术范围可根据病情而定，一般包括腹股沟浅、深淋巴结以及髂外淋巴结，甚至清除至髂总淋巴结。在清扫过程中，常取股管处淋巴结(Cloquet淋巴结)作冰冻切片检查，以决定是否进一步作髂淋巴结清除。 由于腹股沟淋巴结清除术后常发生淋巴瘘、皮瓣坏死、下肢感染水肿、会阴部肿胀，甚至出现下肢、外生殖器象皮肿以及腹股沟恶性溃疡等严重并发症，严重影响患者的生活质量，所以对腹股沟淋巴清除术的选择、施行的时机以及清除范围都应有周详的考虑。
(3)局部切除术：局部切除术可以是根治性的，也可以是姑息性的。根治性局部切除是用于原发瘤≤2cm，位置表浅未向深部侵袭、无任何转移迹象、病理证实细胞分化良好的Ⅰ期鳞状细胞癌，切除范围至少应切除边缘外2.5cm的皮肤和部分肌肉，保留括约肌功能。这种局部切除可获得治愈性效果，据1964～1985年七项资料汇总138例T1患者局部切除5年生存率71%，局部复发28%，远处复发28%。姑息性局部切除是用于全身情况不能耐受经腹会阴联合切除术的病人，以及放化疗后有残留病灶者，有时也用于局部复发的病人。姑息性局部切除术目的以切除肉眼所见的病灶为主，术后常需加用放化疗。
2.放疗和化疗
肛管鳞癌的放射治疗始于20世纪30年代，但由于设备、投照技术等原因，并发症严重，故未引起人们的重视。直到70年代，随着理论研究的深入，观念的改变和放疗设备以及投照技术的提高，使得放射治疗再度受到重视，并逐渐取代传统的手术治疗的首选地位。Papilion是放疗的倡导者，总结早期肛管癌不伴腹股沟淋巴结转移者放射治疗后5年生存率达75%～80%。有学者主张加用化疗可以增敏，减少放疗剂量，且有全身治疗作用，消灭微小病灶。Nigro等(1974)报告放疗加化疗可获得良好效果，放疗后再切除的标本中没有残留癌细胞，证实了肛管癌对放射治疗有较高敏感性。后来，他又2次统计1971～1983年间接受放疗的104例肛管癌患者，62例放疗后再活检，仅1例有残留癌细胞;24例治疗后接受手术，其中22例未发现癌细胞残留，这些结果为放射治疗作为肛管癌首选治疗方法提供了充分的依据。据报道全世界已有近300例治疗经验。化疗用氟尿嘧啶(5-Fu)和丝裂霉素(MMC)，同时用高能量射线照射肛管、会阴以及盆腔，甚至包括腹股沟区。副作用主要是放射性皮炎、黏膜炎、腹泻、骨髓抑制、膀胱炎等。放射治疗总计的5年生存率约为55%，T1和T2患者为75%，T3、T4患者为40%～70%，局部复发率从25%降至8%，有50%～80%的放疗后复发患者仍可通过手术而获得满意效果。目前使用较多的2个方案：
(1)Nigro(1984)治疗方案：放射总量30Gy/3周，同时化疗，5-FU 1000mg/m2，24h持续静脉滴注，第1～4天和第28～31天;丝裂霉素(MMC) 15mg/m2，第1天静脉注射。治疗后6周原发肿瘤部位活检，若无癌残留则不需手术;若有癌残留则行根治性切除。此法治疗104例，97例无癌残留，仅7例肿瘤未完全消失，但已缩小。104例中99例有轻度口腔炎、腹泻和脱发，15例中度白细胞减少，5例有严重反应需住院处理。
(2)英国癌症研究联合协会(UKCCCR)方案：用直线加速器照射会阴部，总量45Gy/5周，照射范围包括腹股沟区，休息6周后再用外照射，增强剂量15Gy/6次或用放射核素192Ir进行组织间照射，总量25Gy。放疗开始和结束时用化疗(氟尿嘧啶+丝裂霉素)。
3.综合治疗
正如上述单纯腹会阴联合切除术5年生存率约50%，术后有相当高的复发率，而且要作永久性人工肛门，病人身心均受到极大创伤;单纯放射治疗，根据1980～1989年9个资料640例肛管癌，治疗后5年生存率为68%，而局部复发率为26%，远处转移率为17%，但是T3、T4病者治疗效果较差，而且放疗后尚有部分病人原发瘤有残留，未达到治愈;单纯化疗尚未见系列报告，目前还只是用于不适宜手术或放疗者。可见，单纯手术或放疗或化疗均未能达到理想效果。现在临床上多主张应用放疗+化疗+手术综合治疗肛管癌。Nigro的方案已反映此观点，放化疗后活检发现仍有肿瘤残留，则应及时施行手术治疗。早期病人可以作局部切除加术后放化疗;T3、T4病人则可以手术为主，术前或术后加放化疗;不宜手术者则只行放化疗。至于生物治疗，目前还是处于探索阶段，最好在通过手术、放化疗大量消灭癌细胞后再应用生物治疗，通常采用的是冻干卡介苗(BCG)、胸腺素(thymosin)、干扰素(IFN)、阿地白介素(IL-2)、肿瘤坏死因子(TNF)等。
4.预后
影响肛管癌预后的因素主要是肿瘤的分期，尤其是肿瘤浸润的深度对5年生存率有极大影响。T1、T2者5年生存率可达70%～100%，而T3、T4者只有10%～40%，肿瘤若侵犯肌肉或括约肌外软组织，术后复发率高达60%以上。区域淋巴结转移更是预后的不良因素，特别是腹股沟淋巴结与原发瘤同时发现，预后不良。远处转移显示癌瘤已进入晚期，多见于肝、肺、骨骼、大脑等。
肿瘤的分化程度与预后有关，分化好的无区域淋巴结转移者，5年生存率达75%;分化差又有区域淋巴结转移者仅为24%。组织学类型与预后亦明显相关，肛管癌大多是鳞状细胞癌，预后比腺癌、黑色素瘤好，后者术后多在1.5年内死亡，Brady(1995)汇总1980～1990年6个资料，共计231例肛管直肠黑色素瘤，术后平均生存12～18.6月。肛管黑色素瘤对放化疗均敏感，应首先行Miles术，Brady报告71例肛管直肠黑色素瘤经腹会阴切除术后5年生存率为27%。
综合治疗比单一治疗者预后好，国外联合放化疗为主的综合治疗后病人5年生存率提高到65%～80%，而单纯手术治疗仅45%～70%，综合治疗局部复发率比单纯手术治疗低20%左右。
肛管癌中医治疗
1、复方半莲汤：半枝莲60g，石见穿30g，生地榆30g，苡仁30g，忍冬藤30g，昆布30g，山豆根15g，槐角15g，胡麻仁15g，白蚤休12g，帜壳9g，川朴9g。制成煎剂，每日1剂，分2次服。
2、瞿麦根汤：鲜根用米泔水洗净，每天50-100克(干根用40-50克)，水煎服。
3、鲜鹅血50-100毫升，每日1次口服。