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(一)发病原因
HGV是单股正链RNA病毒，基因全长9.4kb左右，拥有一个大的连续，可译制的单开放读码框架，编码一长度为2870多个氨基酸残基的多聚体前体蛋白。5′端编码结构蛋白，3′端编码非结构蛋白，整个基因组中5′非编码区最保守。
循环中的HGV可能由宿主的脂蛋白覆盖，表面有糖分子，所以观察到的病毒密度较低。体内外实验表明，HGV为嗜肝性病毒，在肝细胞内复制，所以肝组织和细胞中能检测到病毒的基因组RNA和负链RNA，是病毒复制位点;在血清和淋巴细胞中只检测到基因组RNA，未检测到负链RNA，所以认为并无复制中间体，而HCV是能在淋巴细胞中复制的。HGV感染方式与HCV一致，但其感染力较HCV为低。
计算机序列分析表明，HGV与GBV-C的同源性最大，在螺旋酶区二者的核苷酸同源性是85.5%，氨基酸同源性是100%。GBV-C被认为是HGV的西非株。到目前为止，用RT-PCR技术尚未能在人群血清标本中扩增到GBV-A、B序列。
(二)发病机制
关于HGV的致病性问题，目前尚有争议。一些学者认为它并不致病，某些HGV标志阳性者有肝炎表现，可能是由另一种与HGV伴随存在的未知肝炎病毒所致。