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混合性厌氧菌感染可能同时有许多菌种感染，其中某些菌种可引起伴有高发病和高死亡率的感染，所以早期对该疾病的诊断和治疗是十分重要的，患者应早日就医。除此之外，在治疗过程中患者家属的支持治疗与良好护理还有对患者的心理安慰都是对病情的改善有很大帮助，此外，我们也要认识到混合性厌氧菌感染治疗中药物的重要性，药物的选择如下所述。
因为厌氧菌培养的结果可能要等待3~5日，通常应在明确化验结果之前开始抗生素治疗。有时即使混合感染中某些菌株对抗生素耐药，抗菌疗法也仍可见效，特别当给予充分引流时，效果更好。
口咽部厌氧菌感染应该用青霉素G治疗。在很少情况下，口腔厌氧菌感染对青霉素反应差，则应选用对耐青霉素厌氧菌有效的药物。肺脓肿应该用克林霉素或β-内酰胺/β-内酰胺酶联合应用。对青霉素过敏的病人可用克林霉素或甲硝唑(加用一种对厌氧菌有效的药物)。
胃肠道或女性盆腔厌氧菌感染可能含有脆弱拟杆菌，对青霉素可能有耐药性。此外还发现对第2代头孢菌素和克林霉素也有耐药性。没有哪种单一疗法可显示其优越性。下列药物在体外试验中表明十分有效：甲硝唑，亚胺培南/西拉司丁，哌拉西林/他唑巴克坦，氨苄青霉素/舒巴坦，美罗匹宁和替卡西林/克拉维酸。有些在体外试验中无明显作用但实际通常有效的药物有克林霉素，头孢西丁和头孢替旦。甲硝唑500~750mg每8小时静脉注射1次(儿童：每日30mg/kg 分3剂给)
与氨基糖苷类(如庆大霉素每日5mg/kg分3剂给)合用，用于治疗腹腔内感染或任何结肠源性感染，可覆盖肠革兰氏阴性菌群。应监测庆大霉素在血清中的浓度，因为该药有潜在性肾脏毒性和耳毒性。在本治疗方案中也可用克林霉素替代甲硝唑，剂量为每8小时静脉注射 900mg(儿童：每日30mg/kg分3剂给)。甲硝唑是唯一的厌氧菌杀菌剂，对耐克林霉素的脆弱拟杆菌有效，并可避免克林霉素相关性伪膜性结肠炎。有关该药潜在的致突变作用尚未见临床后果。头孢西丁和头孢替旦对厌氧菌有广泛的抗菌覆盖面。甲硝唑，亚胺培南，美罗匹宁和β-内酰胺/β-内酰胺酶联合应用，在体外试验均显示最好的抗菌作用。除甲硝唑外，所有这些药物均可单独使用，因为它们也有良好的抗需氧菌的作用。
在正确的药物治疗下混合性厌氧菌感染的病情可以得到良好的改善，这也需要患者遵照医嘱进行规律全程的治疗，辅以患者家属的精心护理，使患者达到良好的愈后，恢复正常的生活工作，重返社会。