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房水和玻璃体采集后应立即分别滴在血琼脂、巧克力琼脂培养皿上，待干后放在CO2培养箱中，于37℃下培养。怀疑真菌感染时，应将标本接种于萨布罗琼脂，于25℃条件下培养。在怀疑厌氧菌时，应选择适合于厌氧菌生长的培养基(如含牛肉汤培养基)进行培养。在进行培养的同时，所取标本应进行革兰染色和吉姆萨染色。对于怀疑真菌感染者，应进行乌洛托品银染色。
如果对患者行诊断性玻璃体切割术，在切除之前所得标本可按上述方法直接进行培养，但在玻璃体切除过程中所得到的标本因被灌注液稀释而影响培养结果。为了提高培养的阳性率，所取标本可通过无菌滤过膜过滤，然后将此膜直接放在合适的培养基上进行培养。
在没有无菌滤过膜时，可将玻璃体切除标本直接接种于血培养瓶中，其阳性率与滤过膜过滤后所得的阳性率相似。但血培养瓶在分离流感嗜血杆菌和痤疮短棒菌苗方面的敏感性较低。此外在血培养瓶发现病原体后对其进行鉴定和确定其对药物敏感性尚需进一步的实验。
标本中病原体较少或以往所用抗生素都可影响培养的结果，因此培养应持续14天以上，以提高培养的阳性率。
超声波检查能了解玻璃体混浊的程度和部位、有无视网膜脱离以及有无球壁或球后脓肿，在眼内炎的诊断与治疗中具有重要作用。整个病程中动态的超声检查，可掌握病情的进展，有助于对治疗效果和预后做出判断。