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后牙反合一般可以通过口腔视诊检查、X线头影测量、正畸模型分析等进行诊断。后牙反合根据反合牙的数目和部位可以分为个别后牙反合、单侧后牙反合、双侧后牙反合三种类型。不同的患病类型有着不同的临床特点，建议及时到医院牙科进行诊断检查。
1、口腔视诊检查：怀疑患有后牙反合，首先应该要到医院的口腔科患者牙科进行视诊检查。个别后牙反合对牙齿咀嚼功能无太大影响，但可能会影响到颞下颌关节功能，单侧后牙反合可能会出现左右面部不对称、脸部凹陷、下颌倾斜、面部畸形等。
2、X线头影测量：X线头影测量是研究颅面生长发育的重要手段，适用于各个年龄阶段。通过X线头影测量分析纵、横向研究颅面的牙齿生长发育状况，可以得出不同年龄段的个体牙齿骨骼结构关系。
3、正畸模型分析：正畸模型分析主要是观察患者牙齿、牙弓、牙槽、基骨、腭盖等形态，通过对上下牙合关系进行精准复制达到诊断的目的。正畸模型分析要求制作精准，这样便于长久保存。
除了上述方法以外，后牙反合如果有关节、肌肉异常情况，还需要考虑进行核磁共振和肌肉功能检查。这些检查都能够发现牙齿结构及牙颌特征，有利于以后治疗计划的制定和预后评估。