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慢性肠炎泛指肠道的慢性炎症性疾病,其病因可为细菌、霉菌、病毒、原虫等微生物感染，亦可为过敏、变态反应等原因所致。临床表现为长期慢性、或反复发作的腹痛、腹泻及消化不良等症，重者可有粘液便或水样便。
(1)原发性小肠吸收不良综合征：本病典型症状为脂肪泻。大便色淡，量多，呈油脂状或泡沫状，常浮于水面多有恶臭味。多伴腹胀、腹痛，有乏力、体重下降、出血等营养不良表现，病程长，病情时轻时重，做X线钡餐检查有利诊断。
(2)肠结核：起病缓慢，多位于右下腹部，可有阵发性绞痛，肠鸣音增强，常有大便习惯改变，干、稀交替。轻者仅有稀便，重者为粘液脓血便。可有恶心、呕吐、腹胀，食欲减退。体检仅有右下腹压痛。辅助检查：血沉增快，结肠菌试验阳性，大便培养可找到抗酸杆菌。给予纤维肠镜检查以确认本病。
(3)克隆病：是一种原因不明的慢性肠道炎症性疾病，起病缓慢，有消瘦、纳呆、乏力等表现。腹痛位于脐周或右下腹。腹泻初为间歇性，以后渐为持续性。日行3～6次，软便或半液状。右下腹压痛，可触及包块。晚期呈现消瘦、贫血、肠吸收不良及电解质紊乱等表现。肠系膜动脉造影或内窥镜及活组织检查，可明确诊断。
(4)特发性溃疡性结肠炎：本病原因不明，是与免疫有关的慢性病，多以溃疡为主，累及结膜粘膜，以青壮年多见。腹痛常在左下腹或全腹压痛明显，伴肠鸣音亢进。有食欲减退，体重下降及营养不良等症状。可行乙状结肠镜和活组织检查以利诊断。
(5)胃肠神经官能症：此病是高级神经功能紊乱引起的胃肠功能障碍。起病较慢，临床表现以胃肠道症状为主，表现神经性嗳气、厌食、呕吐、精神性腹泻、结肠激惹症，脾曲综合征等。