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一般治疗
退热、维持水电解质平衡，保证营养供给，密切观察患儿的病情变化，注意监测患儿的生命体征。
对症治疗
积极控制惊厥：有惊厥发作时要及时止惊，可选地西泮每次0.3-0.5mg/kg稀释后缓慢静脉推注或灌肠;也可选氯硝西泮每次0.02-0.06 /kg 稀释后缓慢静脉推注;还可选苯巴比妥等止惊。对于惊厥持续状态用上述药物难以控制者也可选咪达唑仑(midazolam)，首次剂量 0.1-0.3mg/kg, 静脉注射，再用1ug/kg.min维持,根据惊厥控制情况，每15min增加1ug/kg.min，最大剂量8 ug/kg.min。对于急性期频繁发作的患者，应给予口服抗癫痫药物治疗。2)降低颅高压：可选20%的甘露醇每次0.5-1g/kg，6-8小时1 次，恢复期可逐渐延长间隔;有脑疝征兆者20%的甘露醇应加大剂量为每次2g/kg;或20%的甘露醇与50%的葡萄糖每次0.5-1g/kg交替使用。根据颅内压增高的程度选择药物及调整用药间隔。急性期要注意适当限制液体入量，每日1000-1200 ml /m2。
抗病毒治疗
阿昔洛韦(acyclovir)可用于治疗疱疹病毒脑炎，每次10mg/kg，每8小时一次，疗程1-2周。利巴韦林可用于治疗麻疹病毒脑炎，更昔洛韦对巨细胞病毒脑炎有效。
免疫学治疗
激素的应用：关于激素在病毒性脑炎中的应用一直存在争议，但目前多数学者认为，对重症病毒性脑炎大剂量、短疗程的使用可能有利于炎症和脑水肿的消除，从而降低病死率和神经系统后遗症。激素可选用氢化可的松每次10/mg/kg,每日2-3次;也可选地塞米松每次0.2-0.5g/kg，每日2-3 次;或甲泼尼龙每次1-2mg/kg,每日2-3次。对病毒感染后继发脑白质脱髓鞘的患者可给予大剂量激素治疗，开始可选大剂量甲泼尼龙15-20mg /kg.d,冲击治疗，之后改泼尼松1.5-2mg/kg.d口服，2周后逐渐减量停用。也可联合应用大剂量免疫球蛋白400mg/kg.d,连用5天，或1g/kg.d，连用2天。