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角膜营养不良常因先天遗传导致角膜细胞无法获取机体提供的能量和营养而引起，多为双眼对称性。临床上常被分为三种类型：颗粒状营养不良、角膜上皮基底膜营养不良以及Fuchs角膜内皮营养不良，针对这三种类型的治疗措施也有所不同。
1.颗粒状营养不良
颗粒状营养不良的患者早中期可定期检查，严重时可考虑激光治疗和移植手术。目前来说，没有药物可以有效治愈颗粒状营养不良疾病，所以一般建议患者早期和中期可以定期随诊检查，视力变化不明显时，可不采取其它措施。当病情严重影响到正常的生活和工作时，患者可考虑角膜移植手术和准分子激光的治疗性角膜切除术。
2.角膜上皮基底膜营养不良
此类型的大部分患者只需要对症治疗。角膜上皮基底膜营养不良易削弱角膜抵御病原体的能力，进而出现广泛的上皮糜烂，造成严重的后果。此时针对性地给予局部抗生素滴眼是重要的辅助治疗方法。
3.Fuchs角膜内皮营养不良
在不同时期，治疗的方案有所不同。Fuchs角膜内皮营养不良患者在早期时往往没有任何症状，不需要治疗。当出现症状后的治疗方案包括药物治疗、手术治疗、戴绷带式隐形眼镜等。药物治疗可用到的药物有局部高渗剂、抗生素等，手术方式则可选用穿透性角膜移植术、角膜内皮移植术等。