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双眼角膜基质营养不良可以治疗。双眼角膜基质营养不良通常有为四种类型，分别是格子状角膜营养不良、颗粒状角膜营养不良、斑状角膜营养不良和中心性结晶状角膜营养不良。
格子状角膜营养不良，是指视力损害较重的双眼对称性常染色体显性遗传角膜病变，发病较早，通常在10岁前发病；颗粒状角膜营养不良，通常没有明显症状，随着患者年龄的增长，病情逐渐发展，可能会不同程度的影响视力，大多伴有近视性散光；斑状角膜营养不良，3-9岁开始双眼对称性发病，10岁左右即显症状，视力进行性减退，至30岁时大多数已丧失大部分视力；中心性结晶状角膜营养不良是一种少见的角膜基质营养不良，可伴有高脂血症和高胆固醇血症。
如果是格子状角膜营养不良，病情早期如果反复出现上皮糜烂，可以使用高渗眼膏包扎或配戴软性角膜接触镜。病情晚期如果视力明显下降，可以进行角膜移植手术，出现深层病变的患者最好进行穿透性角膜移植术；如果是颗粒状角膜营养不良，早期患者视力没有明显影响通常不需要治疗，晚期如果病灶太大，可以进行穿透性或板层角膜移植，但PTK或角膜移植术3-5年后可能复发；如果是斑状角膜营养不良，最有效的方法是进行穿透性角膜移植术，但2-10年后存在复发可能；如果是中心性结晶状角膜营养不良，对视力影响较小，一般不需要进行角膜移植术。