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通常情况下，先天性角膜营养不良的病因包括遗传因素、全身性疾病以及外伤因素等等。
1.遗传因素。先天性角膜营养不良的主要诱因是基因遗传。这种疾病本身具有一定的遗传性， 如果患者的直系亲属当中有人曾经患上过角膜营养不良，其带来的遗传风险就会直线上升。先天性角膜营养不良患者的视力通常会受到一定的减弱，虽然不足以造成学习以及工作中的障碍，但是仍然会给患者的正常生活造成诸多的不便，患者需要积极进行治疗。
2.全身性疾病。先天性角膜营养不良也可能是由于全身性疾病所导致的，例如风湿热、梅毒等等，这两种疾病都非常容易发生病变，患者的病情发作后会产生一系列的变态反应，从而引起先天性角膜营养不良的发生。这种因素的诱发风险并不是特别高，但其带来的负面影响是不可避免的。
3.外伤因素。先天性角膜营养不良的产生还可能与外伤因素有关。如果患者的角膜部位意外遭受了外力伤害，并且出现了一定的破损，就有可能给病原体带来侵入的机会，这种情况下病原体会从受损部位进入，同时危害患者的眼部健康，从而造成先天性角膜营养不良的发病率有所提高。
先天性角膜营养不良的患者在日常生活中应该加强眼部保护，养成正确的用眼习惯，避免长时间使用电子产品所引发的用眼疲劳等不良反应。