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血吸虫病的临床表现复杂且多样化。根据病期早晚，感染轻重，虫卵沉积部位以及人体免疫反应而不同。临床上可分为急性、慢性、与晚期吸虫病以及异位损害。
1.急性血吸虫病 发生于夏秋季，以7～9月为常见。男性青壮年与儿童居多。患者常有明确疫水接触史，如打湖草、捕鱼、摸蟹、游泳等，常为初次重度感染。约半数患者在尾蚴侵入部位出现蚤咬样红色皮损，2～3 天内自行消退。从尾蚴侵入至出现临床的潜伏期长短不一(23～73 天)，但以1个月左右占大多数。起病较急。临床症状以及发热等全身反应为主。
(1)发热：患者均有发热。热度高低、期限与感染程度成正比。热型以间歇型最常见。体温曲线呈锯齿状。临晚高热，伴畏寒，次晨热退盛汗。弛张热及不规则低热次之;稽留热少见，均为重型。患者一般无显著血症症状，但重型患者可有意识淡漠、重听、腹胀等。相对缓脉亦可见，故易误诊为伤寒。发热期限短者仅2周，但大多数为1个月左右，重型患者发热可长达数月，称为重症迁延型，伴有严重贫血、消瘦、浮肿，甚至恶病质状态。
(2)过敏反应：有荨麻疹，血管神经性水肿，全身淋巴结轻度肿大等。荨麻疹较多见，约见于1/3患者。血中嗜酸性粒细胞常显著增多，具有重要诊断参考价值。
(3)腹部症状：病程中半数以上患者有腹痛、腹泻，而排脓血便者仅10%左右。腹泻次数不多，有时与便秘交替。重型患者腹部有压痛与柔韧感，可有腹水形成。
(4)肝、脾肿大：90%以上患者肝脏肿大，伴有不同程度压痛，尤以左叶肝脏为显著。黄疸甚为少见。约半数患者伴有轻度脾肿大。
2.慢性血吸虫病 在流行区占绝大多数。
(1)无症状患者：慢性血吸虫病中以无明显症状者最多，仅在粪便普查或因其他疾病就医时发现。
(2)有症状患者：以腹痛、腹泻为常见，每日两三次稀便，偶尔带血，时发时愈，重型患者有持续性脓血便，伴里后重。慢性血吸虫病患者常有肝、脾肿大。在病程早期以肝肿大为主，尤以肝左叶为主，但随着病程进展，脾脏逐渐肿大，故有肝脾型血吸虫病之称。
胃与十二指肠血吸虫病甚为少见。这类患者多在手术或胃镜检查取活组织检查发现血吸虫卵而确诊。
3.晚期血吸虫病 主要指血吸虫病性肝纤维化而言。根据其主要临床症状分为巨脾、腹水和侏儒型。随着我国血防工作大力开展与深入，患者得到及时治疗，晚期血吸虫患者数已大量减少。
(1)巨脾型：最为常见，占晚期血吸虫病绝大多数。脾脏下缘达脐平线以下，或向内侧肿大超越正中线，质地坚硬，常可扪及明显迹。晚期血吸虫病患者因食管下段静脉破裂发生大出血时，脾脏可见缩小。巨脾型患者均伴有脾功能亢进，白细胞与血小板减少以及贫血，可有出血倾向。
(2)腹水型：腹水是晚期血吸虫病肝功能显著丧失代偿的表现。腹水形成与门静脉阻塞，低蛋白血症，以及继发性醛固酮增多引起水、钠潴留有关。腹水程度轻重不等，病程长短不一，可反复发作。患者诉腹胀难受。腹部膨隆，常有脐疝与腹壁静脉曲张。有时于脐周可听到连续性血管杂音——克-鲍综合征。少数患者出现轻度黄疸。蜘蛛痣与肝掌较门脉性肝硬化少见。下肢浮肿常见。
(3)侏儒型：现在已很少见。儿童因反复重度感染肝脏生长调节素(somatomedin)减少，影响其生长发育而引起侏儒症。侏儒型患者身材呈比例性矮小，性器官不发育，睾丸细小，无月经，为类似垂体侏儒症。
上述三型相互之间有交叉存在的现象。
4.异位损害
(1)肺血吸虫病：多见于急性血吸虫病患者，为虫子、卵沉积引起的肺间质病变，呼吸道症状大多轻微，且常被全身症状所遮盖，表现为轻度咳嗽与胸部隐痛，痰少，咯血罕见。肺部体征也不明显，有时可闻干、湿?音。但重型患者肺部有广泛病变时，胸部X线检查可见弥漫云雾状、点片状、粟粒样浸润阴影，边缘模糊，以位于中下肺野为多。肺部病变经病原学治疗后3～6个月内逐渐吸收消失，并不发展为肺源性心脏病。
(2)脑血吸虫病：临床上可分为急性与慢性两型，均以青壮年患者为多见。第二次世界大战时美军在菲律宾感染日本血吸虫病1200例中，脑血吸虫病发生率占2%。脑血吸虫病在急性血吸虫病患者病程中表现为脑膜脑炎症状：意识障碍、脑膜刺激征、瘫痪、抽搐、腱反射亢进、锥体束征等。脑脊液正常或有蛋白质与白细胞轻度增多。慢性型的主要症状为癫痫发作，尤以局限性癫痫为多见。颅脑CT扫描显示病变常位于顶叶，亦可见于枕叶，为单侧多发性高密度结节阴影，数厘米大小，但其周围有广泛脑水肿，使脑回凸起，甚至压迫侧脑室，使之变形。脑血吸虫病患者肝、脾肿大有时并不明显。如能及早诊断与治疗预后较好，大多康复。颅脑CT扫描恢复正常，癫痫也停止发作。
除流行病学史和临床症状外，诊断主要依赖实验室检查。
1.寄生虫学诊断 粪便涂片检查虽然简单易行，但除重感染有腹泻患者外，发现虫卵阳性率不高。粪便中虫卵中计数可采用加藤(Kato-Katz)集卵透明法，以50 mg粪便中虫卵数<100为轻度;100～400为中度;>400为重度。
国内曾采用新鲜粪便沉淀后进行虫卵毛蚴孵化法。使用尼龙袋集卵后取沉渣孵化可节省人力、时间与器材，并提高检出阳性率。粪便检查的诊断方法有一定的局限性，轻型患者从粪便中排出虫卵数少，而且间歇性出现，需多次反复检查。晚期血吸虫病由于肠壁纤维化，虫卵不易从肠壁排出，故阳性率很低。
直肠黏膜活组织检查：采取直肠镜检查，自病变处取米粒大小的黏膜置于两玻片之间，在显微镜下检查，发现血吸虫卵阳性率很高。所见虫卵多系黑色卵与空卵壳，含成熟活动毛蚴的虫卵极少见。近期与远期变性卵不能区别，故不能考核疗效或作为再次治疗依据。活检操作时要防止大出血和穿孔危险，尤其晚期血吸虫病患者。
2.免疫学诊断 方法很多，包括皮内试验以及检测成虫、童虫、尾蚴与虫卵抗体的血清免疫学试验;如环卵沉淀试验、间接荧光体试验、酶联免疫吸附试验、尾蚴膜试验等。免疫学检查方法的敏感性与特异性较高，有采血微量与操作较简便的优点，但由于患者血清中抗体在治愈后持续时间很长，不能区别过去感染与现症患者，并有假阴性、假阳性及与其他吸虫存在交叉反应的缺点。近年来采用单克隆抗体检测患者血中循环抗原的微量法有可能诊断活动性感染，并可作为考核疗效参考，是目前免疫学诊断发展的动向。