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一、非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原体和分解尿素支原体感染所引起，其潜伏期较长，尿道炎症较轻，尿道分泌物少，分泌物查不到淋球菌，有条件的可作衣原体、支原体检测。
二、软下疳有不洁性交史，由Ducey链杆菌感染引起，潜伏期短，发病急，炎症明显，外生殖器有多个痛性溃疡，表面有脓性分泌物，尿道口红肿、剧痛，分泌物涂片可见革兰氏阴性短棒状链杆菌。
三、非特异性尿道炎有明显的发病诱因，如导尿或留置导尿管，以及泌尿生殖道或邻近脏器炎症等，分泌物检查可见革兰氏阳性或阴性细菌。