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实验室检查：除尿液分析和尿培养阳性外，其他检查结果同肾皮质脓肿，这是由于肾皮质髓质脓肿与肾盏肾盂相通之故。与肾皮质脓肿相比，本症血培养阳性率更高。
影象学检查：超声和CT是肾皮质髓质脓肿最基本和有效的诊断方法。对急性局灶性细菌性肾炎，肾脏超声波检查常不能发现异常，但可能显示一固态低回声肿块影，与周围正常肾实质无明显界限，肾轮廓变形，皮质和髓质分辩不清。无造影剂增强的CT常不能证实急性局灶性细菌性肾炎的症状，然而经造影增强后，CT可显示界限不清的，楔及非液化的低密度区，可累及一个或多个肾小叶。
肾内脓肿，无论是肾皮质或肾皮质髓质脓肿，其超声表现反复多变，病灶可无内部超声反射而与肾囊肿或肾盏憩室相类似，或出现强回声光团而类似肿瘤。理想的影象学检查是CT，特征性表现是肾实质病灶的CT值下降至0～20H单位，经静脉注射造影剂后不能增强。