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胃结核的临床表现很不一致，有些无症状或很轻微，有些类似慢性胃炎、胃癌、多数似溃疡病，病人有上腹部不适或疼痛，常伴有反酸嗳气，腹痛与进食无关。幽门梗阻所表现的呕吐多以下午、晚间为重，呕吐物为所进之食物，不含胆汁，潜血可为阴性，呕吐后腹胀减轻。除胃症状外还可伴全身结核症状，如乏力、体重减轻、下午发烧、夜间盗汗等。体格检查上腹有时可触及不规则的包块，有幽门梗阻时，在上腹部可见胃型、蠕动波及震水音。
胃结核无特征性临床表现，X线和胃镜检查又无特异征象，因而临床诊断相当困难。早期报道的病例多经手术或尸检证实，近年经胃镜活检诊断者逐渐增多，从而使部分患者避免了手术。
目前认为组织学和细菌学检查是胃结核惟一的确诊方法。
临床上，如胃病变发生于年轻人，对正规抗溃疡药物治疗无效，且伴有下列情况时应考虑到胃结核：①同时存在其他部位的结核病变;②PPD试验强阳性而无其他脏器结核;③触及腹部肿块;④X线显示瘘管或窦道;⑤胃和十二指肠同时受累且病变相连续。