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SID治疗原则上是根治原发病及免疫替代治疗和对症治疗，替代治疗和对症治疗均要视免疫缺陷的类型及后果而定，因在何种因素影响下，产生何种特殊免疫异常并不十分明了，故只有根治原发病，才有可能彻底纠正SID。
1.一般治疗 要加强宣传与护理，采取有效措施预防感染，合并感染时应用合适的抗生素治疗，针对各种情况进行对症治疗，如WAS病人发生血小板减少性严重出血，可输新鲜血小板及维生素D或甲状旁腺素。有T细胞缺陷病人应禁种活疫苗，以防发生严重感染。有一定抗体反应者可考虑给予死疫苗接种，细胞免疫缺陷病人不宜接种存活的疫苗如口服灰髓炎疫苗，以免感染患儿。有些病例需长期给予抗生素以预防感染。
已确诊为T细胞缺陷患儿不宜输新鲜血制品，以防发生移植物抗宿主反应(GVHR)，必需输血或新鲜血制品时，应先用射线(2000～3000rad)处理，血制品还要严格筛查CMV，以防血源性CMV感染。PID患儿一般不作扁桃体和淋巴结切除术，脾切除术视为禁忌，糖皮质激素类药物应慎用。
肺囊虫性肺炎(PCP)是细胞免疫缺陷病人和HIV感染重要的并发症，当1岁内CD4 细胞计数<1500/μl或任何年龄组CD4 细胞占总淋巴细胞<25%时，均应预防PCP感染。
2.替代治疗 替代治疗的原则是“缺什么，补什么”。大约80%PID患儿伴有不同程度IgG或其他抗体缺乏，因此补充IgG(IVIG)是最常见的替代治疗措施。其他替代治疗包括特异性免疫血清，输白细胞，细胞因子(转移因子，胸腺素)。某些市售免疫调节药物对PID的疗效并不满意，需要认真分析、利用。红细胞内有大量嘌呤核苷磷酸酶(PNP)和腺苷脱氨酶(ADA)，因而用洗涤红细胞可以治疗PNP，ADA缺陷症患者，输注白细胞可用于治疗中性粒细胞功能缺陷伴严重感染者。阿地白介素(IL-2)可用于治疗SCID，但仅可能对IL-2表达异常的SCID有效。
3.免疫重建 免疫重建是采用正常细胞或基因片段植入病人体内，使之发挥其功能。以期能持久地纠正免疫缺陷状态。免疫重建的方法有胸腺组织移植、干细胞移植、骨髓移植和基因治疗。
4.胸腺组织移植 胎儿胸腺组织移植：将16周以内的胚胎胸腺植于腹膜下或皮下用于治疗细胞免疫缺陷病，尤其是胸腺发育不全症。胎儿胸腺移植后很快(常在数天内)出现胸腺重建的表现，并持续存在。胎儿胸腺组织来之不易，使胸腺移植的使用受到很大限制。
5.干细胞移植 脐血干细胞移植：脐血富含造血干细胞，可作为免疫重建的干细胞重要来源。无关供体配型脐血干细胞移植后GVRH较无关供体配型骨髓(matched unrelated marrow donor，MUD)移植为轻，也是选用该方法的原因。无关供体配型移植无论是脐血或骨髓，均应进行移植前后免疫抑制治疗，故使免疫功能重建延迟和增大继发感染的机会。同胞纯合子脐血于细胞移植则可不必进行免疫抑制治疗，因此成功率明显增高。外周血干细胞移植将CD34 细胞分离，在体外无菌扩增或定向培养后，再静脉输注病人。
6.骨髓移植
(1)同种异体同型合子骨髓移植：取自同胞兄弟，HLA-A和HLA-B同源，混合淋巴细胞培养(MLC)无反应的骨髓为供体。若病儿尚存在部分T细胞功能，MLC呈阳性反应时，于移植前后均应给予免疫抑制治疗。移植成功的病列，GVRH可自行消失，也有呈慢性GVRH者。卡氏肺囊虫肺炎的磺胺类药物预防要持续到免疫功能恢复正常为止。应持续监测巨细胞病毒(CMV)抗体，CMV抗体呈阳性者，可给予抗病毒治疗。
(2)同种异体半合子骨髓移植：在同胞中仅有1/4机会为同型合子，非同胞同种异体中，同型合子的机会几乎为零。为此可采用同种异体半合子骨髓供体，常为家庭成员父母或兄弟。B细胞移植的成功率较T细胞移植低，且常发生慢性GVRH。半合子骨髓移植现已代替胸腺上皮细胞移植和胎肝移植。
(3)无关供体配型骨髓移植(MUD)：随着一些国家和地区骨髓库的建立，无关供体骨髓移植变为可能。在近年已很盛行。MUD移植可不必移除T细胞，但在移植后均应接受免疫抑制治疗。MUD移植成功率约为50%，5岁以内接受移植者，成功率可达85%。
7.基因治疗 许多原发性免疫缺陷病的突变基因已被克隆，其突变位置已经确立，这给基因治疗打下了基础。将正常的目的基因片段整合到病人干细胞基因组内(基因转化)，被目的基因转化的细胞经过有丝分裂，使转化的基因片段能在病人体内复制而持续存在，并发挥功能。理论上讲，凡骨髓移植成功的疾病均是基因治疗的指针。
基因治疗的主要程序包括：分离外周血或骨髓中的CD34 细胞，体外在生长因子和辅助细胞存在下，使其扩增又不进行分化(即保持CD34 细胞的原始特征)。在体外，CD34 与带有目的基因的载体病毒共培养，使CD34 细胞被目的基因转化，将目的基因转化的CD34 细胞静脉输入患者体内。