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一般无特殊发现，染色体基因连锁分析可出现异常。
应做脑CT、脑电图检查，双耳分听技术，电生理方法，皮质血流分析，透示器半边视野等方法，可发现患儿脑结构侧化异常。脑电图可有非特异性异常改变。
1.脑电图检查 约有50%患特殊学习不能症的儿童存在脑电图异常，主要表现在频率和振幅的异常，但并没有特征性脑电图表现。
2.诱发电位检查 20世纪70年代起，听觉和视觉诱发电位开始应用于对这类患儿的研究，发现阅读障碍患儿大脑左半区视觉诱发电位振幅改变，视觉和听觉诱发电位的潜伏期均延长。近年来事后相关电位(after event related electric potential)已逐步引起人们的重视，已有研究证实患儿的该电位潜伏期超过300ms。目前认为上述这些测试手段尚不能成为一种独立的辅助检查。
3.神经影像学检查 神经影像技术的发展亦使特殊学习不能症的研究有了一些新的发现，已有一些研究先后发现这类患儿有时会出现颞平面错位的现象。正常情况下颞叶的言语中枢，常位于脑之左侧，而阅读障碍患儿的这一区域常在右侧。正电子激发X射线体层扫描(PET)的研究发现，阅读障碍儿童在阅读时存在视区和额叶皮质区域性功能改变。最近氙单光子激发计算机控制X射线体层扫描(SPECT)的研究发现，阅读障碍儿童额部脑血流下降，据认为此对特殊学习不能症有一定辅助诊断价值。