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新生儿由于免疫系统尚不成熟，很少接触外来抗原，生成的免疫记忆细胞数量少，HIV感染后免疫系统损害较成人严重，潜伏期短，出现症状早，病情进展快，发生淋巴细胞样间质性肺炎和继发细菌感染较多。从母婴传播所致感染的患儿，可早在出生后几个月就出现临床征象，潜伏期数月至数年不等。
1.一般临床表现 有持续发热、消瘦、低出生体重、出生后体重不增、黄疸不退、肝脾肿大、多部位浅表淋巴结肿大等。
2.细菌感染 严重的反复的细菌感染，如败血症、肺炎、腹泻、尿路感染、皮肤感染、中枢神经系统感染等成为婴儿死亡的重要原因之一。
3.机会感染 持续性或反复性鹅口疮。
4.肿瘤 在成人患者中见到的Kaposi肉瘤，在儿童患者中少见。
HIV感染急性期常无症状或症状轻微，易被忽视，因此必须依赖血清学检查，可以用ELISA法测血清抗HIV抗体，如阳性再作Western blot测HIV抗原以确诊，若上述检查均阳性即可诊断HIV感染。
美国疾病控制中心认为儿童在患有其他原因不能解释的免疫缺陷时，除了HIV抗体阳性外，有下列症状可诊断为AIDS：
1.肺囊虫性肺炎。
2.弓形体脑炎或弥散性感染。
3.慢性隐孢子虫肠炎，超过1个月以上。
4.慢性皮肤黏膜单纯疱疹，1个月以上。
5.肝脏或淋巴结以外的器官发生巨细胞病毒感染。
6.进行性多灶性脑白质病。
7.念珠菌食管炎。
8.隐球菌性脑膜炎或播散性感染。
9.细胞内鸟分枝杆菌感染。
10.卡波西肉瘤(60岁以下)。
11.原发性脑淋巴细胞瘤。
12.弥散性细菌感染(不仅是肺或淋巴感染)。