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先天性食管闭锁，是新生儿的一种比较少见的疾病，约有50%的患儿可兼并有其他器官的畸形。食管闭锁的治疗，由于多种因素的影响，有着相当的难度。但近二十年来，随着医学技术的发展，经手术治疗后的总体生存率可达到90%。故一旦怀疑为先天性食管闭锁，应立即将患儿送到医院，尽早诊断并尽早采取手术治疗。
先天性食管闭锁的手术方式，主要是传统的开胸手术和微创的胸腔镜手术。传统的开胸手术，可选择胸膜外入路，多以左侧卧位为手术体位。大多选择肩胛下角4-5肋间后外侧作为切口。以胸膜外入路时，对患儿肺功能影响小，手术后也容易恢复。胸腔镜手术，是一种微创手术，具有创伤小、瘢痕小、患儿康复快、无遗留胸壁、无肩胛畸形后遗症等优点，且治疗效果显著，救治成活率相对于开胸手术高。但该项手术需要医生有丰富的经验，及高超的技术，同时还要有麻醉医生的有效配合，操作难度相对比较大。
如果患儿有严重先天性心脏病、长段型食管闭锁，或者是全身一般状况差，则不宜选择胸腔镜手术。其次，临床上有很多食管闭锁患儿常合并有其他消化道的畸形，如先天性肛门闭锁、环形胰腺及十二指肠闭锁等，为手术方案的制定又增加了难题，可能还需要行造瘘术等。所以先天性食管闭锁这个疾病相对比较复杂，手术要求高，需要有丰富经验的医生团队，故患儿家长一定要选择有资质的医院。
另外，在行食管闭锁手术前，应做好手术前管理，如保温、补液、抗炎、全身状况维持等。而且在手术后，也可能存在吻合口漏、吻合口狭窄、胃食管反流 、吞咽困难并发症，应积极采取应急措施，同时做好术后护理工作。