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(一)发病原因
病因不明，推测与多种因素有关，可能包括感染、自身免疫、精神因素和毒性因素。
1.感染因素由于本病病理改变和临床表现很像痢疾而认为是慢性痢疾;也曾被怀疑其他细菌或病毒等，但均未完全被证实。Mitchell用Crohn病患者小肠组织转移到动物可引起与Crohn病相似改变，有人研究这种转移的因子可能是病毒或变体的细菌。
2.免疫因素曾有人报告本病是由于对食物过敏，如牛奶或其他蛋白，排除这种食物病情有所好转。有人发现本病患者血清有抗结肠抗体，因而认为是自身免疫性疾病。也证明有其他抗体如RF、ANA存在，并发现免疫复合物高，抗原性质不明，抗体为IgG。Pedmann证明本病患者血循环内有细胞毒性淋巴细胞(cytotoxiclymphocytes)，这种细胞当手术切除结肠后则消失。Shorter等研究指出IgM结合于这种细胞，并证明这种细胞与结肠细胞和肠细菌抗原有交叉反应。这可解释为患者血液不足或外伤时破坏了正常黏膜屏障而形成对某种肠微生物抗原的致敏，正常人免疫因素可抑制这种超敏反应，当患者无能力抑制这种炎症反应，则可由于新的细菌或肠黏膜周期性被刺激，而表现为疾病的重新活动。严重病例可伴有多发性关节炎和皮疹，因而认为本病是一种慢性胶原性疾病，是由自身免疫反应引起的。
3.精神因素本病多由于患者情绪紧张或精神创伤而引起发病或诱发病情恶化。有人认为神经精神因素可能是本病的原因之一。大脑皮质活动障碍可通过自主神经系统的功能紊乱，产生肠道及其血管的平滑肌痉挛，而形成结肠黏膜的糜烂和溃疡。
4.免疫遗传基因Asguith研究IBD患者的HLA，发现HLA-A11和HLA-B7增加;Nahir发现HLA-A2、HLA-BW35和HLA-BW40增加，与正常对照组差异无显著性，但伴有AS或骶髂关节炎的IBD患者HLA-B27是增加的。说明本病可能与免疫遗传基因有关。
(二)发病机制
尚不清。可能当结肠炎症活动时，葡萄膜和巩膜血管基底膜结合于肠细菌抗原或黏膜抗原。这种结合基底膜的抗原引起周期性活动，是由于结合IgM的细胞毒性淋巴细胞的作用。可引起补体沉着并吸引炎症细胞而出现炎症表现。目前已经发现以下几种因素与炎症性肠道疾病患者发生葡萄膜炎有关：①肠道病变：肠道病变静止时，葡萄膜炎发生的可能性降低，但在肠道病变活动时，发生葡萄膜炎的可能性增大;②骶髂关节炎：在伴有骶髂关节炎的患者，发生葡萄膜炎的可能性显著增大。据报道，25例伴有骶髂关节炎的患者中发生虹膜睫状体炎者高达52%，但在无骶髂关节炎的119例患者中，发生葡萄膜炎者仅有3.4%;③患者的年龄：20～39岁年龄组的患者易发生葡萄膜炎;④结节性红斑和口腔溃疡：出现结节性红斑和口腔溃疡的患者易发生葡萄膜炎。