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一般情况下，蛛网膜囊肿在婴幼儿或童年时期进行手术最合适。因为蛛网膜囊肿手术在婴幼儿时期的治疗效果比成年后的效果好很多，所以一旦婴幼儿确诊蛛网膜囊肿且符合手术指征，应尽早进行手术。
蛛网膜囊肿是一种位于脑部的良性囊肿，是先天性的良性脑囊肿病变，由胚胎在发育期蛛网膜分裂产生异常所导致。蛛网膜囊肿一般位于脑表面、脑池部及脑裂，大多数情况下不累及脑实质。蛛网膜囊肿大多不会出现症状，但如果体积过大，有可能会对脑组织和颅骨造成不同程度的压迫，产生神经症状，对颅骨的发育产生影响。
大多数学者认为，如果成年患者的蛛网膜囊肿无占位效应或其他临床症状，不管是在哪个部位、大小形状如何，一般都不需要治疗。对于在成年后新发现蛛网膜囊肿的患者，先不建议手术治疗，通常需要经过6个月左右的影像观察再做决定，如果可以排除囊肿的变化，则不需进行手术干预；如果病变有扩大的情况，方可考虑进行手术治疗。而对于婴幼儿患者，应该采取积极的手术治疗。
综上所述，蛛网膜囊肿做手术的最佳阶段应该是婴幼儿时期和童年时期，因为此时的效果最好，年龄稍大或成年后一般不建议进行手术。