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医院获得性肺炎预后差，死亡率高，除早期发现和积极治疗外，应积极采取预防措施，减少发病，已引起普遍重视，并有许多研究。医院获得性肺炎的发病途径有外源性和内源性两大类，前者与医院、病室的环境因素、各类侵袭性和非侵袭性治疗操作等因素有关，后者则与机体自身因素有关，如呼吸道和胃肠道寄殖菌，基础疾病和免疫状态等。因此应针对这些环节进行预防。
1.预防外源性感染 严格消毒隔离制度和切实执行无菌操作技术是关键，应注意教育和管理。医务人员进行接触病人和各项操作前应洗手，各项侵入性操作时应带消毒手套、口罩和隔离衣。对于已有多药耐药菌感染的肺炎患者，应适当隔离以尽量避免交叉感染。注意病室空气(层流室)和医疗器械消毒，尤其是各种呼吸治疗器械的严格消毒，如雾化吸入装置，吸痰装置，氧疗装置等。
呼吸机肺炎发病率极高，积极治疗原发疾病，争取早日撤机，以尽可能缩短人工气道留置时间和机械通气时间，可以明显降低发病率。而在呼吸机治疗期间，尤应重视呼吸道的无菌操作，保持呼吸道通畅。呼吸机装置(虑菌器)可能减少吸入气体的带菌数量，并避免呼出气污染病室环境。
2.减少内源性感染 口咽部和胃肠道定植菌吸入量是内源性感染的重要途径，良好的护理措施可减少口咽部分泌物和胃内容物误吸的发生，如经常变动体位，喂食时取口高位，胸部理疗，口腔护理，正确气管插管护理和胃肠引流技术，对长期卧床者可采用摇动床转动体位，促进呼吸道分泌物的排出。对于可能出现应激性溃疡的重危病员，采用制酸剂预防消化道出血，可能因为使胃液pH值增高，导致胃内发生定植菌大量繁殖，增加误吸引起医院获得性肺炎的机会。因此多建议采用胃黏膜保护剂如硫糖铝。有3组荟萃分析对硫糖铝，H2受体阻滞药(西米替丁)和制酸剂的应用进行比较。使用硫糖铝组医院获得性肺炎发病率最低，使用制酸剂组则最高，使用西米替丁组虽高于硫糖铝组，但与安慰剂组相比并不增加医院获得性肺炎的发生率。可能因西米替丁虽使胃液pH值增高，但不增加胃液容积，因此发生反流和误吸机会较少。此外如采用空肠造口进行肠道营养治疗，而不必放置鼻胃导管，则引起反流机会更少。
预防性使用抗生素的以减少口咽部和胃肠道潜在致病菌的方法尚有争议。许多研究认为无论呼吸道局部抗生素的应用，选择性消化道脱污染(selective decontamination of the digestive tract，SDD)，全身应用抗生素不一定能降低肺炎的发生率，且可能导致耐药菌株的出现，增加治疗困难，宜慎重。曾应用气管内滴入或吸入庆大霉素或多粘菌素B等，虽然口咽部革兰阴性杆菌定植菌减少，但医院获得性肺炎的发生率和治疗率未见改善，可能与出现耐药菌有关。近年对选择性消化道脱污染(SDD)报道较多，认为与对照组相比较，SDD发生率较低，但多数为非双盲随机对照。曾较多报道采用口服多粘菌素，妥布霉素和庆大霉素等药物，在胃肠道内不被吸收而保持较高药物浓度，对变形杆菌，Moganellla，沙雷菌属和铜绿假单胞菌等革兰阴性杆菌，其他替代药物尚包括氟喹诺酮类和万古霉素等，但并未被普遍接受，可能有选择性地应用于外科手术病例，尚不失为值得探索的方法。
3.免疫预防 采用综合性措施，如营养支持，纠正机体内环境失衡等，以图减少医院获得性肺炎的发生。营养不良会增加肺炎的发生，营养支持治疗具有重要地位。经肠道营养具有刺激小肠黏膜，防止细菌易位的作用，但应注意方法。例如鼻饲方法如果灌入量过大会引起胃内容物反流而吸入，尤其在仰卧体位时的长期留置鼻饲导管亦可能引起鼻炎。经空肠造口术作肠道营养支持，可能避免反流现象。
肺炎球菌疫苗和流感病毒疫苗可有选择地应用于某些高危患者。铜绿假单胞菌免疫球蛋白，抗内毒素血清和免疫球蛋白等的预防作用有限。正在研究一些具免疫调节作用的生物制剂，如IL-1受体拮抗剂，肿瘤坏死因子(TNF)抗体，广谱抗脂多糖抗体，环氧酶抑制剂等。
