大肠黑变病发病机制尚不明确，综合归纳主要有:
(1)滞留学说，即与慢性结肠梗阻有关，由于慢性梗阻致食物残渣滞留，蛋白分解产物在酶的作用下变成色素颗粒沉积于肠粘膜。
(2)吸收学说，即由结肠吸收了肠道细菌合成的色素颗粒或结肠排泄色素颗粒的能力降低所致。
(3)刺激学说，即由于泻剂中含树脂性物质的刺激，在大肠内合成色素颗粒后沉着于肠固有层，被吞噬细胞吞噬所致。
(4)损伤学说，即泻剂引起肠上皮细胞损伤，该损伤细胞被固有层中的吞噬细胞吞噬，这些大细胞浆中色素团使肠粘膜表现为黑色。
(5)酶异常学说，即在一些人的肠粘膜下神经丛中有异常酶的存在，泻剂激活了这些酶的活性，从而使色素积聚，神经功能紊乱等。