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组织病理学检查，是诊断的主要依据。由于黑色素很小或为无色素的黑色素瘤，故取材时应切除整个瘤体，不宜行切取活检，以免造成医源性扩散和活检确诊率低。对无色素的黑色素瘤可采用Massobn-Fonlana黑色素银染色法或多巴染色、酪氨酸酶反应等协助病理诊断。
肛窥器检查可见齿状线附近有紫黑色或褐黑色的突起型肿块，一般3～6cm，外形似蕈伞，有短而宽的蒂，或呈结节状，似菜花。