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1.尾蚴性皮炎 尾蚴穿透皮肤往往不被发现，但当大量尾蚴一次性进入人体时，可发生皮肤过敏反应，出现皮肤瘙痒、红斑或荨麻疹等，可持续数天。
2.侵袭期或毒血症期 是指童虫发育为成虫的过程。约2周左右，有季节性差异。如有大量童虫同时到达肺部，可引起痉挛性咳嗽、哮喘、胸痛等症状。但常因症状轻微、短暂而不被注意。更常见的是长期高热，达38～40℃，伴畏寒、出汗、头痛、背痛等，历时数天到3～4个月不等。高热持续较久时，出现精神萎靡、反应迟钝、食欲减退、消瘦及贫血等，说明病情危重。体检：肝、脾中度肿大，可有压痛。
3.症状期 此期出现的泌尿生殖系统症状，是由于成虫在膀胱、输尿管壁及生殖系统大量排卵所致。最初虫卵被大量嗜酸粒细胞、巨噬细胞及组织细胞浸润形成的肉芽肿所包围，肉芽组织又渐被纤维细胞侵入而形成瘢痕，继之虫卵死亡并钙化，引起泌尿生殖器官严重病变，如尿路狭窄及膀胱挛缩等。
(1)膀胱病变：早期症状为镜下血尿，渐发展为尿频、尿痛、尿急、耻骨上及下腰痛。血尿轻重不一，典型者为终末血尿，也可发生全程血尿。膀胱病变可分为3个阶段：
第1阶段：应激性膀胱。膀胱肌肉肥大，易受激惹收缩，可出现暂时性压迫壁段输尿管，输尿管口痉挛性收缩，使输尿管及肾盂内压增高，引起非结石性肾绞痛。
第2阶段：膀胱无力。膀胱肌肉纤维化影响膀胱收缩。如病变继续发展，膀胱壁变薄而扩张，形成三角区后陷窝。如膀胱颈部纤维化而变狭窄，更加重了排尿困难，膀胱壁有假性憩室形成。当逼尿肌代偿失调，开始产生剩余尿，剩余尿过多时，发生假性尿失禁、三角区后陷窝结石等。
第3阶段：挛缩性膀胱。由于膀胱壁纤维化及瘢痕形成而收缩，膀胱容量逐渐变小，此时尿频、尿痛加重。膀胱颈部挛缩严重时，可有逆行射精。膀胱、膀胱颈、输尿管均可有钙化。
(2)输尿管病变：膀胱壁段输尿管受侵犯最为多见，也可侵入下段输尿管，输尿管发生纤维化、狭窄，狭窄以上的输尿管扩张、迂曲、反流和钙化。膀胱及输尿管周围可产生纤维脂肪瘤病，压迫输尿管，加重狭窄，狭窄段以上输尿管及肾积水。埃及血吸虫病中96%有膀胱输尿管反流，更加重了输尿管及肾积水，肾脏形成瘢痕、萎缩、钙化及结石形成。约84%并发细菌感染，导致肾盂肾炎，严重者形成脓肾。
(3)尿道病变：后尿道可出现血吸虫结节及溃疡;前尿道可因继发感染而致狭窄、尿道周围炎、尿道周围脓肿及尿瘘。
(4)生殖器官病变：精囊壁肌层可有血吸虫卵沉积，可使精囊增大、结节形成及变硬。病变扩展到囊壁黏膜，发生溃疡时引起血精。后期继发感染、纤维化，则精囊变小、萎缩、钙化，可导致不育。
血吸虫卵也可沉积在前列腺，多位于前列腺部尿道黏膜。前列腺静脉丛也可有血吸虫结节，这些结节常被误诊为结石、结核或恶性变。症状多为下腰痛、会阴部疼痛及尿道痛。晚期前列腺纤维化，可出现性欲减退、早泄及勃起功能障碍。易误诊为慢性前列腺炎，常需前列腺穿刺活检确诊。
偶有附睾、睾丸发生血吸虫性肉芽肿。埃及血吸虫病多见于成年女性外阴及阴道下部，也可见于子宫颈、子宫、卵巢及输卵管，病变多为溃疡及肉芽肿。症状为脓性白带、性交后出血。
诊断的目的有以下几个方面，即患者是处于现症感染还是属于以往感染过;是埃及血吸虫病还是曼氏血吸虫病;确定是活动期还是非活动期;明确感染度;评价后遗症的严重度以及并发症情况。