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新生儿肾盂肾炎的病因主要有细菌感染等方面。肾盂肾炎属于肾脏疾病，是一种微生物感染导致的肾实质炎症和肾盂，该病尽早确定病因十分重要，可以有效帮助新生儿进行治疗。有部分的患幼儿患者由于肾脏发育异常，也容易造成肾盂肾炎的反复发作。以下是对于新生儿肾盂肾炎病因的具体分析：
1、细菌感染：新生儿如果被肺炎双球菌、伤寒杆菌、白喉杆菌、葡萄球菌等病菌感染，或者出现皮肤感染、上呼吸道感染、猩红热等病症，将会导致肾小球出现炎症，进而导致出现肾盂肾炎。其中，细菌感染导致患病且体质较差的患儿，容易出现脓毒血症，全身出现抽搐、呕吐，对身体危害极大。
2、上皮感染：上皮感染的病理主要是病菌进入到肾盂，引起肾盂肾炎，然后经过肾小管，使病情恶化。儿童的免疫力较弱，如果患儿的尿道黏膜收到了轻微损伤，则细菌将很容易入侵到患者的膀胱或者肾脏等部位，进而引起感染。同时，女性新生儿患病率比男性新生儿要高，因为女性的尿道比男性的更短且更宽，更容易引起感染。
3、直接感染：如果儿童的肾脏周围的脏器出现感染，则病菌会直接通过肾静脉到达肾盂附近，引起发炎，即出现肾盂肾炎。
4、血源性感染：血源性感染的病理主要是病菌进入到肾脏皮层后，使肾脏皮层附近出现大量小脓肿，然后通过肾小管进入到肾脏或者肾盂，使其出现病变，从而导致出现肾盂肾炎。
新生儿出现肾盂肾炎的病症，大多数患儿是由于致病菌通过上行尿道引起肾脏感染，部分患儿是由于肾脏周围的脏器出现组织感染而引起肾脏感染，少数患儿是由于致病菌通过血液到达肾脏而引起感染。病情早期及时确定病因可以帮助患者尽快接受治疗，目前临床上以抗感染治疗为主。也需要排除一下尿路是否有发育异常的情况。