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阴道上皮内瘤样变应与以下疾患鉴别。但由于下述疾病均可有轻度不典型增生，它们与肿瘤性的非典型增生之间在细胞学和病理上均难以区分，故鉴别诊断的关键在于定期行阴道涂片检查或病理检查，以其发展趋势来判定。
1.阴道炎或阴道上皮萎缩症状与体征往往与阴道上皮内肿瘤雷同，主要靠病理检查鉴别。病检表现为：炎症时，见细胞增生，同时由于细胞质内糖原减少，核浆比例增大，但整个细胞极性保持，核分裂少，且多在深层。
2.人乳头状瘤病毒感染此类感染的症状和体征与阴道上皮内肿瘤常无区别。其病理表现为细胞不典型增生位于中、浅层，并出现挖空细胞。