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1.原发性肝癌 一般无明显发热、肝大迅速，质硬而表面不平，甲胎蛋白阳性。B型超声波、CT扫描、肝动脉造影、磁共振检查及肝穿刺活组织检查均有诊断价值。
2.细菌性肝脓肿 鉴别要点见表1。
3.膈下脓肿 常发生于腹腔化脓性感染，如溃疡病穿孔，阑尾炎穿孔或腹部手术之后。本病特征是全身症状明显，但腹部体征轻;X线检查横膈普遍抬高和活动受限，但无局限性隆起，可见膈下有气液面;B超提示膈下液性暗区而肝内则无液性区;核素肝扫描不显示肝内有缺损区;MRI检查时，在冠状切面上能显示位于膈与肝间隙内有液性区，而肝内正常。
4.局限性脓胸 不同点是本病曾有肺感染或胸腔损伤之病史，语音或触觉性震颤减低或消失，患部叩诊呈实音。肝不增大，但可能稍向下移位亦无触痛。胸部X线检查可见膈肌未升高。胸腔穿刺可抽出脓液，并可查到病菌。
5.胰腺脓肿 本病早期为急性胰腺炎病象，脓毒症状之外可有胰腺功能不良，如糖尿、粪便有未分解的脂肪和未消化的肌纤维。肝如增大亦甚轻，无触痛。胰腺脓肿时膨胀的胃在病变部前面。肝扫描无异常所见。如有条件CT可帮助定位。
6.肝棘球蚴病 本病合并感染可误诊为细菌性肝脓肿，应详细问病史如畜牧地区或畜牧业。病人先有腹部肿块而后出现脓毒症状，X线摄片或可见钙化囊壁。包虫皮内试验阳性。
7.血吸虫病 在血吸虫病流行区，易将肝阿米巴病误诊为急性血吸虫病。两者均有发热、腹泻、肝肿大等表现，但后者肝痛较轻，脾肿大较显著，血象中嗜酸粒细胞显著增加，大例孵化、乙状结肠镜检查、虫卵可溶性抗原检测有助于鉴别。
8.胆囊炎 起病急，右上腹痛阵发性加剧，且常有反复发作史。黄疸多见且较深，肝肿大不显著，胆囊区压痛明显，可作胆囊造影及十二指肠引流予以鉴别！