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(一)发病原因
肠系膜上动脉血栓形成多发生在动脉粥样硬化的基础上，这类病人常合并弥漫性动脉硬化，如冠状动脉硬化，严重外周动脉疾病和腹主动脉与髂动脉粥样硬化疾病等。此外，肠系膜血管移植术后，血管创伤、血液凝固状态的改变亦可促使血栓形成。
(二)发病机制
动脉粥样硬化发生于肠系膜上动脉的起始部，病程逐渐发展，血管逐渐狭窄变细，血流缓慢，血栓形成。由于病程缓起，肠系膜上动脉、腹腔动脉、肠系膜下动脉在这个过程中，可形成侧支循环，避免了肠管的即刻坏死。但在维持消化功能需要更多的血液供应的过程中会出现肠缺血的症状。在血栓形成后，肠坏死即可发生。特点是肠坏死的范围广泛，自十二指肠至左半结肠均可累及，病死率高。