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1.前葡萄膜炎单纯疱疹病毒引起的前葡萄膜炎应与多种疾病相鉴别，主要的有带状疱疹病毒引起的前葡萄膜炎、EB病毒引起的葡萄膜炎、炎症性肠道疾病伴发的葡萄膜炎、Cogan综合征、外伤性前葡萄膜炎、结核性前葡萄膜炎、梅毒性前葡萄膜炎等。
(1)带状疱疹病毒引起的前葡萄膜炎：带状疱疹病毒引起的前葡萄膜炎与单纯疱疹病毒引起的前葡萄膜炎均可出现角膜炎、羊脂状KP、虹膜萎缩和眼压升高等改变，易于混淆。但带状疱疹病毒引起者多有眼带状疱疹、皮肤带状疱疹、闭塞性血管炎等表现，单纯疱疹病毒则不会引起此种改变(表1)，PCR检测和特异性抗体检测有助于二者的鉴别诊断。
(2)EB病毒引起的葡萄膜炎：EB病毒可引起多种全身表现和多种类型的葡萄膜炎，如发热、咽炎、淋巴结病、肝脾肿大、前葡萄膜炎、玻璃体炎、多灶性外层视网膜炎、脉络膜视网膜炎、全葡萄膜炎等，特异性病毒壳体(VCA)IgM抗体可以存在2～6个月，VCAIgG抗体在病毒激活时产生，并可持续终生。在疾病发作时有短暂的VCAIgA升高。早期抗原的特异性抗体(IgG和IgA)在临床表现出现后3～4周达高峰，可以持续存在3～6个月。这些临床表现和实验室检查易于将EB病毒所致的葡萄膜炎和单纯疱疹病毒性葡萄膜炎区别开来。
(3)外伤可引起角膜瘢痕、感染性或非感染性葡萄膜炎：患者有眼球穿透伤病史，临床上可表现为进展迅速的感染性眼内炎，也可表现为与晶状体蛋白有关的葡萄膜炎，还可表现为单纯的外伤性前葡萄膜的炎症反应或交感性眼炎。根据病史和典型的临床表现，一般不难与单纯疱疹病毒性葡萄膜炎相鉴别。
(4)麻风：可以引起浅表的无血管角膜炎、伴有深层新生血管的基质性角膜炎和葡萄膜炎。结节型麻风更易于引起葡萄膜炎，患者可出现奶油色的“虹膜珍珠”，直径0.5～2.0mm，并可出现虹膜萎缩，可不伴有其他炎症的体征。患者的病史、全身表现以及是否来自麻风疫区等有助于鉴别诊断。
(5)梅毒：易于引起角膜炎和葡萄膜炎。获得性梅毒主要引起单侧基质角膜炎，而先天性梅毒则主要引起双侧基质角膜炎。葡萄膜炎尤其易发生于Ⅱ期梅毒，可表现为单侧或双侧受累，可伴有Ⅱ期梅毒的非特异性表现，如发热、不适、头痛、咽痛、关节痛、淋巴结病等。特征性无痛性斑丘疹，出现于躯干和四肢，也可波及手掌和足底。葡萄膜炎可以表现为多种类型，如前葡萄膜炎、脉络膜视网膜炎、玻璃体炎，可出现前房积脓、渗出性视网膜脱离、扇形虹膜萎缩等。
(6)盘尾丝虫病：是非洲一些地区的一种常见疾病，又称为“河盲”，主要引起硬化性弥漫性角膜炎和轻度的慢性虹膜睫状体炎，也可引起脉络膜视网膜炎。我国尚未见此种类型的葡萄膜炎。
2.后葡萄膜炎单纯疱疹病毒性后葡萄膜炎与水痘-带状疱疹病毒、巨细胞病毒、EB病毒、风疹病毒、麻疹病毒、嗜人T淋巴细胞病毒Ⅰ型、结核、梅毒、弓形虫等所致的后葡萄膜炎、Behcet病性葡萄膜炎、类肉瘤病性葡萄膜炎等相鉴别。
3.原发性闭角型青光眼单纯疱疹病毒性角膜基质炎常引起眼压升高。特别是在眼压升高明显时，它易被误诊为原发性青光眼。二者鉴别的要点是，单纯疱疹病毒引起者常有角膜知觉减退、角膜中央分布或弥漫性分布的KP、前房闪辉、前房炎症细胞，易发生虹膜萎缩;而急性闭角型青光眼者往往有角膜上皮水肿、角膜雾状混浊、前房浅、瞳孔呈椭圆形扩大、眼压升高显著，眼底可见杯/盘比增大等。