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多种疾病可以引起中枢神经系统损害、视神经炎和葡萄膜炎，这些疾病有Behcet病、类肉瘤病、Lyme病、梅毒、疱疹病毒感染等，在诊断时应注意与这些疾病相鉴别。
1.Behcet病 Behcet病可引起脑血管炎，出现神经系统的多种异常，但患者典型地表现为复发性口腔溃疡、多形性皮肤病变、阴部溃疡、关节炎;所致的葡萄膜炎多表现为非肉芽肿性前葡萄膜炎、全葡萄膜炎、视网膜炎、视网膜血管炎，易引起前房积脓、视网膜出血、视网膜幻影血管等病变。而多化性硬化则主要引起中间葡萄膜炎，且多是肉芽肿性炎症。根据这些特点，一般不难将二者鉴别开来。
2.类肉瘤病 类肉瘤病虽然也可引起多种神经系统改变、视神经炎和葡萄膜炎，但它引起的葡萄膜炎多为前葡萄膜炎、视网膜血管炎(典型地出现蜡烛泪样病变)、脉络膜肉芽肿，并且患者多有皮肤损害、淋巴结病，肺部X线检查发现肺门淋巴结肿大，血清血管紧张素转化酶检查对诊断和鉴别诊断有很大帮助。
3.Lyme病伴发的葡萄膜炎 Lyme病是一种由感染蜱传染的螺旋体疾病，主要引起发热、游走性红斑、关节疼痛，也可引起中枢神经系统损害和葡萄膜炎，酶联免疫吸附试验联合免疫印迹检查对确定病原体、诊断和鉴别诊断具有重要价值。
4.梅毒 梅毒可引起中枢神经系统和脊髓病变，常引起视盘肿胀和视盘水肿、视神经萎缩、动眼神经麻痹，葡萄膜炎多表现为前葡萄膜炎或全葡萄膜炎，病史和血清学检查对诊断有重要帮助。
5.疱疹病毒感染所致的葡萄膜炎 单纯疱疹病毒、带状疱疹病毒等均可引起脑炎和葡萄膜炎，但它们往往表现为视网膜炎、视网膜坏死综合征、进展性外层视网膜坏死综合征、视网膜脉络膜炎和前葡萄膜炎，而多发性硬化则主要引起中间葡萄膜炎，血清学检查、PCR检测等对诊断和鉴别诊断均有重要帮助。