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根据典型疼痛、胆囊造影无结石且胆囊充盈良好、脂肪餐后胆汁不能充分排空者，应怀疑胆囊管综合征，但确诊则需结合上述检查。需进行鉴别的疾病包括：
1.胆石症 胆囊管内有小胆石的患者多方面的表现可酷似胆囊管综合征，包括临床症状、CCK刺激下的胆汁引流和胆囊造影。位于胆囊管中的小结石可在胆囊摘除术中或术后解剖被发现。
2.慢性胆囊炎和胆囊增生症 非结石性慢性胆囊炎患者常可见胆囊不充盈或充盈受阻。胆囊增生症尤其是腺肌增生症患者注射CCK后可出现胆囊区疼痛，这类疾病患者胆囊排空延迟或加快不尽相同，且造影中易于发现相应的胆囊形态改变。
胆囊管综合征与非结石性慢性胆囊炎及胆囊增生症在病理生理、病理解剖及状方面可有重叠。胆囊管综合征常见到胆囊有轻到中度的慢性炎症、壁增厚;胆囊增生症和慢性胆囊炎患者也大多有症状，这主要是由于胆囊排空受阻以及胆囊颈或胆囊管狭窄所致。可见，在胆囊管出现狭窄或部分梗阻后，胆囊壁肌肉可发生代偿性的增生、肥厚。
3.胆囊张力低下 胆囊张力低下的患者，由于缩胆囊素拮抗剂的存在，胆囊造影可充盈良好，但胆囊收缩不佳或不能收缩，注射CCK的同时或以后，通常不出现疼痛的症状。括约肌运动功能障碍中的高张力型引起胆囊管综合征者较机械性梗阻所致者少得多，但在CCK胆囊造影时也可出现疼痛，胆囊充盈良好，胆道收缩差，胆囊管常可明显显影，直径常在8mm以上，造影剂很少或完全不进入十二指肠，而胆囊管综合征者胆囊管不显影或显影模糊。此外，括约肌运动障碍患者对硝酸甘油和抗胆碱能药物反应较好。
4.胰腺十二指肠疾病 胰腺十二指肠部位的器质性疾病，包括十二指肠、壶腹及胰腺肿瘤、胰腺炎，都有其放射学和实验室检查特点而不易与胆囊管综合征相混淆。必要时可进行ERCP检查和胆囊造影加以鉴别。