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1.原发性肾上腺皮质功能低下：本病需和一些慢性消耗性疾病及继发性肾上腺皮质功能低下鉴别。本病血、尿皮质醇水平低，血ACTH水平升高，ACTH兴奋试验无反应，可与慢性病相鉴别。继发性者血ACTH水平正常或偏低，ACTH兴奋后血尿皮质醇水平逐渐上升、可以和原发性鉴别。
2.原发性甲状旁脉功能低下：需与引起低血钙的其它疾病鉴别，如维生素D缺乏或假性甲旁减、慢性腹泻及酸碱失衡鉴别。甲状旁腺功能低下者血PTH水平低或测不到，注射PTH后血及尿cAMP增加，而假性甲旁减者血PTH水平增高，对外源性PTH无反应，可资鉴别。引起低血钙的其它疾病血PTH水平不低可与甲旁减鉴别。
3.原发性腺功能低下：需和继发性腺功能低下及泌乳素瘤等鉴别。原发性者LH、FsH水平升高、血中性激素水平降低，HcG兴奋试验无反应，可以与上述疾病相鉴别。
4.少数患者可发生垂体灸，致使垂体功能低下：激素测定可发现垂体促激素水平降低．用下丘脑激素成具它药物兴奋时垂体储备功能不足，即可明确诊断。