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肛窦损伤感染是肛门直肠周围脓肿的主要原因，肛腺管开口于肛窦，肛窦的开口向上呈漏斗状，肛腺管则直接通向肛门直肠周围间隙中，所以粪便、异物、炎性分泌物及各种细菌非常容易进入肛窦引起肛窦炎和肛腺管炎症，导致肛门直肠周围感染形成脓肿。
新生儿容易发生肛周脓肿原因至今不太明了，有些专家分析原因如下：
①肛窦炎，这是新生儿常见病之一，也是新生儿形成肛瘘最主要的原因。肛窦的炎症因肛门括约肌收缩，影响炎性分泌物(包括脓液)排泄，使炎症可以扩散至直肠、肛门周围，进而形成肛周脓肿，由于肛门周围距离皮肤和邻近器官(如女婴的外阴和阴道)的粘膜很近，所以一旦形成脓肿，就等于瘘管形成，瘘管的内口位于直肠壁上，而外口位于皮肤或其它器官的粘膜处，脓肿则在脓液流出后形成连接内外口的管道。
②免疫力低下，这种病儿比健康的新生儿(免疫力弱、尚未成熟)的抵抗力还差，易发生败血症和局部感染。
③全身或邻近肛门处化脓性感染，可以并发肛周感染。有人认为有些新生儿雄性激素分泌过多，刺激肛周皮脂腺，使其分泌旺盛导致继发感染。
④偶见因外伤包括肛门直肠手术后继发肛周感染，最后形成肛瘘。
⑥先天性肛瘘，有专家认为是胎儿阶段直肠阴道隔发育异常所致，特别是女孩直肠前庭瘘和直肠阴道瘘很可能在小儿出生时已存在，而于生后表现症状。
婴幼儿期易发生肛门直肠周围脓肿的其它原因还有：
①粪便压迫：小儿骶骨弯曲尚未形成，直肠与肛管呈垂直状态，粪便直接压迫肛管齿状线肛窦处，易造成肛窦损伤感染出现发炎。而女孩直肠前有子宫压迫直肠，直肠曲与成人相似，肛窦相对受粪便压迫损伤机会少，所以发病率较男孩低。
②小儿肛门周围尿布皮炎，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，导致皮下脓肿。加之婴儿免疫机能低、抵抗力差，皮脂腺相对分泌旺盛，也易导致肛周皮下感染，形成脓肿。由此看来，婴幼儿肛门直肠周围脓肿除肛窦损伤感染外，肛周皮肤不洁也是一个主要因素。