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磁共振本身危害是不大，对任何年龄的人来说都没问题，但在检查中会有震动和噪音，有自我控制意识的人就没关系，但对于年龄太小的人来说，尤其是婴儿会感到害怕而乱动，会导致无法正常检查，所以有些医院对于这类人需要给他们吃点麻醉药，而这麻醉药对身体就有点害处了，大人多吃会上瘾或有依赖性，少吃没问题，就怕个别人会对麻醉要过敏。有的医院采用对宝宝耳朵的损害及身体无伤害的方式是提前用棉花堵上。
大家都知道核磁共振是磁矩不为零的原子核，在外磁场作用下自旋能级发生蔡曼分裂，共振吸收某一定频率的射频辐射的物理过程。在医学上核磁共振原理主要应用于MRI（核磁共振成像仪器），因此利用核磁共振成像仪在检查患者疾病的时候能够对患者作出明确的定位定性诊断。通过核磁共振的检查能够清晰地观察患者的伤病情况。
对于婴儿来讲做核磁共振主要是为了解大脑发育情况，排除一下缺血缺氧性脑病的情况。如果大脑有损伤，由于孩子还小，发育没有完全，如果及时发现，及时治疗，一般不会留下后遗症的。现在医用的核磁共振技术相对来讲，比起CT，核磁共振的危害简直是太小了，而且核磁共振的准确率比CT要高的多，核磁共振是以磁性通过身体的，检查人员和陪同家属身上不能带任何含金属物品，而CT是X光线透视的，别说小孩了，大人都不宜多做，准确率又低，而两者的区别主要是价位不同，核磁共振是CT的两倍价钱。
不管怎样，对于婴儿患者家属来讲，在没必要的情况下还是尽量少让婴儿做核磁共振检查。
核磁共振成像是近年来一种新型的高科技影像学检查方法，是80年代初才应用于临床的医学影像诊断新技术。它具有无电离辐射性（放射线）损害；无骨性伪影；能多方向（横断、冠状、矢状切面等）和多参数成像；高度的软组织分辨能力；无需使用对比剂即可显示血管结构等独特的优点。 临床意义：适应症： 神经系统的病变包括肿瘤、梗塞、出血、变性、先天畸形、感染等几乎成为确诊的手段。特别是脊髓脊椎的病变如脊椎的肿瘤、萎缩、变性、外伤椎间盘病变，成为首选的检查方法。 心脏大血管的病变；肺内纵膈的病变。 腹部盆腔脏器的检查；胆道系统、泌尿系统等明显优于CT。 对关节软组织病变；对骨髓、骨的无菌性坏死十分敏感，病变的发现早于X线和CT。
