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(一)治疗
本病常在免疫功能降低时发病，故应消除各种诱发因素。早期局限性肺部肉芽肿或空间，可采用抗真菌药物治疗，必要时可手术切除。
对于单纯有呼吸道隐球菌寄生的慢阻肺病人，当没有肺部受侵犯的证据时应定期随访。对胸片有肺实质受侵犯，呼吸道分泌物培养中分离出新型隐球菌的病人应给予积极的治疗，防止发生血源性播散。对于免疫功能低下的病人因病变极易由肺播散到中枢神经系统所以既使其脑脊液检查还是阴性结果，亦应极早开始系统治疗。
治疗中以两性霉素B作为首选药物，单用两性霉素B时从小剂量开始每天0.1～0.25mg/kg，逐渐增加至每天1mg/kg，加入5%葡萄糖液中，滴注时间不少于6～8h，一个疗程总剂量为1～2g。
国外学者统计在艾滋病病人中有7%的人并发新型隐球菌的感染，在治疗中多采用积极的抗真菌治疗。选择两性霉素B和氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)的联合应用。两性霉素B：0.3mg/(kg·d)，氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)100mg/(kg·d)(分四次口服)。平均4～6周即可见到临床效果。对于两性霉素B的肝、肾毒性及可能引发的血管炎，氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)引起的骨髓抑制和腹泻造成的电解质紊乱，应给予认真的监测。出现毒副反应的病人应被减少药物剂量。对于不能耐受两性霉素B和氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)的病人，推荐选用静脉滴注氟康唑(大扶康)，首日剂量400mg，以后每天200mg。其可有效的进入脑脊液。
对临床症状较轻而有隐球菌感染证据的病人可以采用口服氟康唑或伊曲康唑。因伊曲康唑在脑脊液内浓度较低，一般作为维持治疗，每天400mg用药1～47个月(平均12个月)，复发率为13%。用药时间长短取决于隐球菌培养及血清荚膜多糖抗原的阴转情况。
单一肺部结节病灶的隐球菌感染，是否行外科手术切除目前还有争议。多数意见赞成抗真菌药物治疗，因为除了少数单一结节外科手术治疗有效，多数病例不可能完全切除肺部隐球菌结节或团块以控制感染。个别病人因胸膜渗出需作引流。其余绝大多数病人药物治疗就可以达到治疗目的。
(二)预后
该病原菌主要侵犯中枢神经，对脑膜和脑组织有亲和性，故脑隐球菌病80%以上，死亡率最高。