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棘阿米巴角膜炎在临床上并不多见，患者以年轻人为主，没有性别方面的偏好。患者在感染棘阿米巴原虫后起病比较缓慢，通常以单眼症状为主，最典型的表现是畏光、容易流泪，通过医学检查可以发现角膜上皮会变得比较浑浊，而且有积脓的情况。想要治疗这种疾病有以下三种方法。
1.药物治疗
治疗棘阿米巴角膜炎的首选药物是阳离子防腐剂，例如0.02%的氯己定溶液和聚六甲双胍，这些药物具有延缓角膜病变，抑制溃疡出现的作用，同时毒性较小，基本不会产生不良反应。如果患者眼部的原虫包囊比较密集，可以使用芳香族双脒治疗，其中巴龙霉素和新霉素都是经常使用的，配合唑咪类药物可以使病情更加稳定。若是患者已经出现了角膜糜烂，或者是炎症反应比较明显，也可以使用糖皮质激素类药物治疗。
2.分期治疗
分期治疗是将整个患病周期分为急性期和维持期，选择不同的药物有针对性的进行治疗。对于处于急性期的患者，连续三天使用氯已定、羟乙磺酸丙氧苯脒、新霉素滴眼液进行三联治疗会取得显著的效果。而对于维持期的患者，使用克霉唑滴眼液配合口服酮康唑可以使病情逐渐好转。
3.手术治疗
如果患者使用药物治疗无效，或者是病情发展过快、已经出现严重的角膜溃烂情况，一般都建议进行手术，常用的方式是穿透性角膜移植术，能够挽救视力，避免波及到眼球的组织。
在临床上主要就是通过这三种方式治疗棘阿米巴角膜炎，治疗的效果根据病情累及的范围和患病时间决定。一般单眼发病的患者恢复效果好于累及到双眼的患者，处于早期的病情比晚期的病情更容易治愈。需要注意的是，由于棘阿米巴角膜炎的症状不具有典型性，因此在治疗时一定要注意和其他眼部疾病相区别。