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先天性并发症有内脏转位、脐尿管残存、脊椎裂及尿道下裂等。获得性并发症有肾盂肾炎、肾积水、肾积脓、结石、结核和肿瘤等,此类并发症约见于30%的病例。但一组34例非融合型交叉异位肾中,19例(57%)有各种不同的并发症,其中以并发感染最高,共11例(33%),肿瘤3例(9.1%)。